В 2000 году в составе авиахолдинга "Сухой" было создано ЗАО "Гражданские самолеты Сухого" (ГСС), которое занялось разработкой ближнемагистрального лайнера на замену Ту-134 и Як-42. В 2002 году компания привлекла в качестве консультанта американскую корпорацию Boeing. В марте 2003 года ГСС с проектом Russian Regional Jet (RRJ) выиграло конкурс Росавиации по созданию регионального самолета, получив из бюджета $120 млн на его запуск в серию. Через месяц в качестве двигателя для RRJ был утвержден SaM146 французской компании Snecma и НПО "Сатурн".
В августе 2005 года руководитель Роспрома Борис Алешин сообщил, что бюджетные вложения в самолет в 2005-2009 годах составят 8 млрд руб. Позже компания сообщала, что общая стоимость проекта оценивается в $1,4 млрд. В декабре 2005 года "Аэрофлот" подписал контракт на покупку 30 RRJ на сумму $820 млн, став стартовым заказчиком.
В июле 2006 года на авиашоу в Фарнборо было сообщено о переименовании проекта в Sukhoi SuperJet 100 (SSJ 100). В июне 2007 года первым иностранным заказчиком стала итальянская авиакомпания ItAli (позже этот контракт был заморожен). В августе ГСС и итальянская Alenia Aeronautica создали СП по продажам и послепродажному обслуживанию SSJ 100. Итальянцы вошли в капитал компании, приобретя 25% плюс 1 акцию за €138 млн.
В сентябре 2007 года был представлен первый опытный экземпляр SSJ 100, а 19 мая 2008 года совершен первый испытательный полет. Тогда же было объявлено о возможных задержках поставок самолетов в связи с затягиванием процедуры сертификации. В 2009 году началось серийное производство SSJ 100 на Комсомольском-на-Амуре авиационном производственном объединении.
В феврале 2011 года SuperJet получил сертификат МАК. В апреле первый серийный лайнер был поставлен авиакомпании "Армавиа", также в 2011-2012 годах семь машин получил "Аэрофлот". По данным на конец 2011 года, имелось 168 твердых заказов на SSJ 100, в числе иностранных заказчиков — Kartika (Индонезия), Pearl Aircraft (США), Interjet (Мексика). В феврале 2012 года самолет получил сертификат Европейского агентства по авиационной безопасности.