Создан указом президента Владимира Путина от 26 марта 2008 года. Учредителем выступило Министерство здравоохранения и социального развития. Высшим руководящим органом является попечительский совет, который возглавила тогда глава ведомства, а ныне помощник президента Татьяна Голикова. Оперативное управление фондом осуществляет правление во главе с председателем Мариной Гордеевой. Фонд занимается профилактикой семейного неблагополучия и социального сиротства, поддержкой семей с детьми-инвалидами, социальной реабилитацией малолетних правонарушителей и беспризорников, созданием и развитием в регионах системы для их поддержки.
По данным самого фонда, в 2011 году общая сумма его расходов составила 1,305 млрд руб. Наиболее затратными статьями были софинансирование 124 региональных программ в 54 субъектах РФ (962,2 млн руб.) и поддержка исполнения 179 проектов муниципальных образований, учреждений и НКО (132,6 млн руб.). 94,5 млн руб. ушло на проведение "общенациональной информационной кампании по противодействию жестокому обращению с детьми". Административно-хозяйственные расходы составили 89,9 млн руб. Доходы фонда за 2011 год равнялись 690,8 млн руб. (из них субсидии из федерального бюджета — 671,6 млн), кроме того, были использованы перешедшие с 2010 года средства.