5 августа 2000 года по настоянию президента Владимира Путина был принят новый закон "О порядке формирования СФ". Сенаторы стали назначаться законодательным органом субъекта РФ и главой исполнительной власти региона. До этого в верхнюю палату парламента входили сами губернаторы и председатели законодательных собраний, совмещавшие основную работу с сенаторской. Ротация членов палаты была окончена к 2002 году.
1 января 2005 года вступили в силу поправки к закону, согласно которым полномочия сенатора начинались только после утверждения его палатой, а спикер получил право единолично инициировать досрочный отзыв депутатов.
26 апреля 2007 года Владимир Путин в послании Федеральному собранию высказался за введение десятилетнего ценза оседлости для сенаторов. 4 июля соответствующие поправки были приняты. Членом СФ мог стать только кандидат, в совокупности проживший в регионе не менее десяти лет со дня достижения им 18-летнего возраста. Под действие закона не попадали действующие сенаторы и бывшие силовики.
5 ноября 2008 года президент Дмитрий Медведев предложил поменять порядок формирования СФ таким образом, чтобы сенаторами могли стать только депутаты региональных парламентов или представительных органов местного самоуправления. Соответствующие поправки, отменявшие помимо этого десятилетний ценз оседлости, право спикера на досрочный отзыв и необходимость подтверждения полномочий сенатора палатой, были приняты 28 января 2009 года.
1 ноября 2010 года Госдума сразу в трех чтениях одобрила законопроект, исключающий любое участие Совета федерации в процессе комплектовании палаты. Документ предусматривал, что полномочия представителя субъекта РФ в верхней палате парламента начинаются на десятый день со дня вступления в силу решения о его избрании, без подтверждения получения аппаратом СФ необходимых документов, которое, по мнению авторов поправок, зачастую необоснованно затягивалось.
20 сентября 2011 года Госдума приняла поправки, позволяющие регионам выдвигать в качестве своих представителей в СФ действующих депутатов нижней палаты федерального парламента, избранных в составе региональной группы кандидатов от данного субъекта.