В октябре 2004 года пришедший в госкомпанию "Совкомфлот" новый менеджмент инициировал проверку, по итогам которой в январе 2006 года компания обратилась с гражданским иском в Высокий суд Лондона с требованием взыскать с ее бывшего руководства незаконно выведенные средства в размере до $800 млн. Основными ответчиками по иску стали бывший гендиректор "Совкомфлота" Дмитрий Скарга, бывший глава британской "дочки" компании Юрий Привалов, экс-президент "Новошипа" Тагир Измайлов и предприниматель Юрий Никитин.
В 2005 году на основании проверок "Совкомфлота" Генпрокуратура возбудила уголовное дело по факту причинения имущественного ущерба компании. Заочные обвинения были предъявлены Дмитрию Скарге и группе российских предпринимателей, в том числе Юрию Никитину и Юрию Привалову. По версии следствия, бывшее руководство "Совкомфлота" в начале 2000-х годов сдавало ряду подконтрольных офшорных компаний суда по заниженным ставкам, а те, в свою очередь, предоставляли корабли в субаренду по рыночным тарифам. Разницу, по данным следствия, участники сделок делили между собой. Сумму ущерба прокуратура оценивала в $700 млн. На момент возбуждения дела все фигуранты проживали в Лондоне, однако в 2006 году во время делового визита в Швейцарии был задержан Юрий Привалов. В июле 2008 года по запросу Генпрокуратуры он был экстрадирован в Москву, где ему были предъявлены обвинения в присвоении денежных средств в составе преступной группы в особо крупном размере. Выдачи остальных фигурантов дела Россия от Лондона добиться не смогла.
10 декабря 2010 года Высокий суд Лондона удовлетворил гражданский иск "Совкомфлота" лишь частично. Признав претензии компании только к Юрию Никитину, суд постановил взыскать с него с учетом процентов около $60 млн. Еще $84,5 млн истцу удалось вернуть в досудебном порядке. Компания подала апелляцию на это решение суда, однако в ноябре 2011 года она была отклонена.