8 октября 2005 года при запуске с космодрома Плесецк спутника CryoSat, принадлежавшего Европейскому космическому агентству, из-за ошибки в программном обеспечении системы управления разгонного блока "Бриз-КМ" не была выдана команда на выключение двигателя второй ступени ракетоносителя "Рокот". Разгонный блок не отделился от второй ступени и вместе с ней и космическим аппаратом упал в районе Северного полюса.
28 февраля 2006 года с Байконура была запущена ракета "Протон-М" с разгонным блоком "Бриз-М", которая должна была вывести на орбиту саудовский телекоммуникационный спутник Badr 1 (Arabsat 4A). Однако при втором включении двигатель разгонного блока отработал меньше положенного, и спутник оказался на нерасчетной орбите. Причиной стали проблемы в работе маршевого двигателя С5.98М.
14 марта 2008 года аналогичная ситуация произошла при запуске "Протоном-М" с Байконура телекоммуникационного спутника AMC-14 (США): двигатель разгонного блока "Бриз-М" при втором (из планируемых трех) включении работал лишь 1933 секунды вместо расчетных 2066, спутник вышел на нерасчетную орбиту. Официальная названная причина аварии — разрушение трубопровода подачи генераторного газа на турбину турбонасосного агрегата двигателя С5.98М.
1 февраля 2011 года с Плесецка стартовал ракетоноситель "Рокот" с научным спутником "Гео-ИК-2" в качестве полезной нагрузки. Однако из-за сбоя в системе управления разгонного блока "Бриз-КМ" спутник вышел на нерасчетную орбиту. Все попытки наладить его работу оказались безрезультатными, и в июне 2011 года объявлено о потере космического аппарата.
17 августа 2011 года с Байконура запущен "Протон-М" с телекоммуникационным спутником "Экспресс-АМ4". Однако в циклограмме работы разгонного блока "Бриз-М" был ошибочно сокращен временной интервал подворота гиростабилизированной платформы, что привело к его неправильной ориентации и выводу спутника на нерасчетную орбиту. В итоге 25 марта 2012 года "Экспресс" был затоплен в Тихом океане.