17 октября 2003 года Генпрокуратура обвинила президента компании "ЮКОС-Москва" Василия Шахновского в неуплате налогов на 28,5 млн руб. (ч. 2 ст. 198 УК). В феврале 2004 года Мещанский суд Москвы признал господина Шахновского виновным и приговорил к году тюрьмы, освободив от наказания в связи с "изменением обстоятельств" — ранее он погасил задолженность по налогам и взносам в Пенсионный фонд в размере 53,4 млн руб.
19 апреля 2006 года Симоновский райсуд Москвы приговорил бывшую сотрудницу правового управления ЮКОСа Светлану Бахмину к семи годам лишения свободы за хищение имущества ОАО "Томскнефть" (ч. 3 ст. 160 УК) и уклонение от уплаты налогов (ч. 2 ст. 198 УК). Позже Мосгорсуд сократил срок до шести с половиной лет. Весной 2008 года, отсидев более половины срока, заключенная обратилась с ходатайством об условно-досрочном освобождении. Зубово-Полянский райсуд Мордовии дважды отказывал Бахминой, несмотря на ее беременность и общественную кампанию в ее защиту. Затем рассмотрение ходатайства было перенесено в Москву. 21 апреля 2009 года Преображенский суд вынес положительное решение, 27 апреля Светлана Бахмина была освобождена.
С апреля 2006 года находился под арестом вице-президент ЮКОСа Василий Алексанян, обвиняемый в хищении акций и имущества "Томскнефти" на сумму более 12 млрд руб. (ст. 160 УК), легализации этих средств (ст. 174) и уклонении от уплаты налогов (ст. 198). В СИЗО у него диагностировали ВИЧ, рак лимфатической системы и другие серьезные заболевания. Под общественным давлением в феврале 2008 года Алексаняна перевели из СИЗО в больницу, а в январе 2009 года выпустили под залог в 50 млн руб. 24 июня 2010 года Симоновский райсуд Москвы прекратил дело Алексаняна за истечением срока давности.
6 декабря 2008 года Таганский суд Москвы приговорил к 12 годам лишения свободы и 800 тыс. руб. штрафа президента ООО "Амальгама Дивиди Групп" Бориса Теременко. Он считался соучастником в деле о хищении и легализации благотворительных денег компании ЮКОС и обвинялся в присвоении или растрате (ч. 4 ст. 160 УК) и легализации средств (ч. 4 ст. 174-1 УК РФ). В начале 2012 года был освобожден условно-досрочно.