25 февраля 1992 года президент Борис Ельцин подписал указ "О структуре управления космической деятельностью в стране", создав Российское космическое агентство (РКА). Руководителем ведомства был назначен Юрий Коптев. В ведение РКА поступили организации космического профиля, в том числе некоторые предприятия ракетно-космической промышленности военного назначения. В 1997 году начался процесс поэтапной передачи управления космодромом Байконур от Минобороны к РКА, который завершился к 2009 году.
Указом президента от 25 мая 1999 года РКА было преобразовано в Российское авиационно-космическое агентство (Росавиакосмос). Новому ведомству были переданы, в частности, 350 предприятий авиационной отрасли, которые до этого находились в ведении Минэкономики.
9 марта 2004 года в ходе правительственной реформы Росавиакосмос переведен в структуру Министерства промышленности и энергетики и переименован в Федеральное космическое агентство (Роскосмос). Авиационную промышленность из его ведения передали в Федеральное агентство промышленности. Юрия Коптева во главе космического ведомства сменил бывший командующий космическими войсками Анатолий Перминов. Указом президента от 20 мая 2004 года Роскосмос был переподчинен напрямую премьер-министру.
В апреле 2011 года, после многочисленной критики, связанной с неудовлетворительной работой космической отрасли, Анатолий Перминов был уволен, а его место занял первый заместитель министра обороны Владимир Поповкин.