Изначально команда будущего футбольного клуба «Нижний Новгород» сформировалась на базе Нижегородской академии футбола, которую возглавлял арбитр Игорь Егоров. Официально клуб «Нижний Новгород» был создан в январе 2007 года на базе любительской команды «Тэлма-Водник», выступавшей в чемпионате Нижегородской области. В мае 2007 года между ФК «Волга» и «горожанами» на один сезон был заключен договор о совместной деятельности, по которому игроки, не попавшие в основной состав «волжан», могли выступать за «Нижний Новгород», переименованный в «Нижний Новгород-Волга-Д». После выхода во второй дивизион клуб обрел прежнее название и самостоятельный статус. В феврале 2008 года ФК «Нижний Новгород» прошел процедуру аттестации в Профессиональной футбольной лиге и был включен в состав участников первенства России среди команд второго дивизиона. В 2009 году из-за финансовых проблем на фоне кризиса в стране уже игравший в первом дивизионе клуб был вынужден вернуться во второй. В 2010 году в СМИ вновь появились сообщения о финансовых проблемах клуба. В ноябре 2011 года из-за иска инспекции Федеральной налоговой службы по Автозаводскому району, которая хотела взыскать с клуба 425 тыс. руб. долга по налогам от рекламной деятельности и обратилась в суд с заявлением о его банкротстве, разгорелся скандал. В декабре к иску налоговиков было присоединено заявление Пенсионного фонда, которому НП задолжало 3 млн руб. Дело тогда закрыли — «Нижний Новгород» погасил долги. Но в итоге по решению региональных властей в июне 2012 года, после того как «горожане» проиграли матч за выход в премьер-лигу ФК «Волга», «Нижний Новгород» был расформирован. В результате часть игроков и административного состава «Нижнего Новгорода» перешла к «волжанам», другая — в дзержинский «Химик». Позже у клуба решением апелляционного комитета по вопросам лицензирования футбольных клубов была отозвана лицензия, поскольку он не смог погасить задолженность перед персоналом и по налогам. В августе 2012 года футбольный клуб обратился в суд с заявлением о собственном банкротстве, которое стало этапом формальной процедуры ликвидации клуба.