Разработка концепции военной реформы началась еще четыре года назад. В 1994 году Борис Ельцин своим указом создал государственную комиссию по военному строительству во главе с Виктором Черномырдиным. Однако у премьера и так проблем хватало, а без него воевать с амбициозными и не желающими поступаться своими интересами "силовиками" было некому. Секретари Совета безопасности Олег Лобов и Иван Рыбкин занимались преимущественно Чечней, а секретарь Совета обороны Юрий Батурин оказался не способен переиграть противившихся переменам руководителей силовых ведомств.
Между тем ситуация становилась все более критической. В Чечне российская армия, внутренние войска, чекисты и пограничники показали полную неспособность решать поставленные перед ними задачи и даже договориться между собой о координации действий. Отказывались договариваться они и в мирное время, постепенно превращаясь в автономные, существующие сами по себе мини-армии: каждое ведомство создавало собственные системы управления, тылового и материального обеспечения, заказывало и закупало вооружение и военную технику исходя не из реальных потребностей, а из собственного желания. В результате общее число военных в России ничуть не уменьшалось и оставалось на уровне 3 млн человек. Не сокращалось и финансирование "силовиков": все вместе они потребляли почти треть всех доходов федерального бюджета. Впрочем, и этого им не хватало: многомесячные задержки зарплат в армии, давно стали нормой, а спецслужбы лишались своих лучших офицеров, которые из-за низких зарплат стали в массовом порядке уходить в частный сектор.
Изменить ситуацию Борис Ельцин в 1997 году призвал первого замминистра обороны Андрея Кокошина, назначенного сначала секретарем Совета обороны, а весной этого года — секретарем Совета безопасности, объединенного с СО. За пять лет, проведенных в Минобороны, гражданский чиновник, досконально изучивший проблемы армии и приобретший необходимый аппаратный опыт работы с оборонкой и силовыми ведомствами, и к тому же пользующийся доверием Бориса Ельцина (при назначении Кокошина секретарем СБ президент назвал его "героем нашего времени"), должен был подавить всякое сопротивление внутрироссийской военной интеграции и заставить силовиков работать сообща. Выбор Кокошина, очевидно, объяснялся еще и тем, что под его руководством в Минобороны еще летом 1996 года был разработан план реформирования армии, который стал основой преобразований, проводимых сейчас министром обороны Игорем Сергеевым.
Подписание президентом концепции военного строительства стало первой крупной аппаратной победой Кокошина в должности секретаря СБ. Именно он собирал в своем кремлевском кабинете непримиримых противников и вместе с ними выверял формулировки, которые устроили бы заинтересованные стороны. В результате получилось, что всем "силовикам" пришлось поступиться своими интересами, но ни один из них не сможет критиковать концепцию: ведь это они ее разрабатывали и поставили под ней свою подпись.