В январе 1992 года Генпрокуратура предложила создать в России территориальные отделы военной милиции по "гарнизонному принципу" и с различными службами — криминальной, по борьбе с экономическими преступлениями и другими. В июле 1994 года Минобороны подготовило соответствующий законопроект и направило его в Госдуму, однако он так и не был принят.
В июле 1996 года в связи с ростом преступности в армии комитет Госдумы по обороне подготовил свой вариант закона "О военной полиции". Депутаты предложили вывести новую структуру из подчинения военных, что встретило жесткую критику со стороны Минобороны. Кроме того, проект признали слишком дорогим.
В июле 2005 года о необходимости создания военной полиции в качестве меры борьбы с дедовщиной заявил уполномоченный по правам человека Владимир Лукин. В январе 2006 года эту идею поддержал президент Владимир Путин: поводом стало дело рядового Андрея Сычева, оставшегося без ног после издевательств сослуживцев.
3 февраля 2006 года министр обороны Сергей Иванов заявил, что военная полиция может быть создана только в структуре Минобороны, а на ее создание может потребоваться "один-два года". Однако уже 15 февраля, выступая в Госдуме, господин Иванов заявил, что не возлагает больших надежд на полицию, которая, по его мнению, не станет "панацеей от дедовщины".
В ноябре 2009 года стало известно о планах Минобороны создать военную полицию на базе уже существующих военных комендатур и военных автоинспекций, однако в апреле 2010 года заместитель министра Николай Панков заявил о приостановке создания такого института из-за необходимости "более детальной проработки вопроса".
В июле 2011 года министр обороны Анатолий Сердюков заявил, что военная полиция будет создана до конца года. Предполагалось, что ее руководителем станет начальник штаба Центрального военного округа Сергей Суровикин. 3 июля 2012 года начальник Генштаба Николай Макаров сообщил новую дату начала работы военной полиции — 1 декабря 2012 года. Он подчеркнул, что центральные органы полиции — главк Минобороны и соответствующие структуры в военных округах и на флотах — уже созданы.