25 октября 2007 года Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ) удовлетворил жалобу экс-главы МФО МЕНАТЕП Платона Лебедева, констатировав нарушение его прав при избрании меры пресечения во время предварительного следствия по первому уголовному делу. Незаконными были названы постановления Басманного и Мещанского судов Москвы. Страсбургский суд постановил взыскать с РФ €3 тыс. в качестве компенсации нанесенного Лебедеву морального вреда и возместить ему расходы в размере €7 тыс.
22 декабря 2008 года ЕСПЧ частично удовлетворил жалобу бывшего вице-президента ЮКОСа Василия Алексаняна, арестованного по обвинению в хищении, отмывании денежных средств и неуплате налогов. Суд усмотрел в действиях властей бесчеловечное отношение к тяжелобольному обвиняемому. Недоказанными были признаны утверждения заявителя о "давлении на него и его адвоката в связи с судебным делом в Страсбурге". В итоге ЕСПЧ предписал избрать для Алексаняна более мягкую меру пресечения, но двумя неделями ранее Мосгорсуд уже постановил освободить его под залог 50 млн руб.
31 мая 2011 года суд частично удовлетворил жалобу экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского, признав нарушение ст. 3 Конвенции по правам человека (бесчеловечное и унижающее достоинство обращение) в ходе его задержания, а также в части условий его содержания под стражей. Однако ЕСПЧ отказался назвать преследование заявителя политически мотивированным. Суд обязал РФ выплатить Ходорковскому €10 тыс. за моральный ущерб и €14,5 тыс. на возмещение судебных издержек.
20 сентября 2011 года по жалобе акционеров и бывших топ-менеджеров ЮКОСа Страсбургский суд признал, что российское государство нарушило право компании на защиту собственности. В частности, были выявлены нарушения при расчете части налоговых претензий. Также, по мнению суда, нарушением права на защиту собственности являлось то, что ЮКОСу не дали достаточного времени, чтобы расплатиться с дополнительными налоговыми начислениями. Однако ЕСПЧ отказался признать преследование ЮКОСа политически мотивированным, а вопрос о компенсации €81 млрд передал на согласование сторонам.