8 декабря 2011 года в знак протеста "против нарушений, допущенных на парламентских выборах" из совета по правам человека при президенте (СПЧ) вышли журналисты Светлана Сорокина и Ирина Ясина. После президентских выборов, в марте 2012 года, их примеру последовали еще 11 человек, например глава российского отделения Transparency International Елена Панфилова. Вакантными оказались 13 из 40 мест в совете.
15 мая представители общества "Мемориал" обратились к гражданским активистам с призывом отказаться от работы в новом составе СПЧ, мотивируя это невозможностью сотрудничества с Владимиром Путиным. Глава совета Михаил Федотов заявил, что сложит полномочия, если в СПЧ останется меньше 20 человек.
В июне администрация президента предложила новый порядок формирования СПЧ, по которому кандидата в него сможет выдвинуть любая общественная организация, а список кандидатур для рассмотрения президентом будет определяться голосованием в интернете. После этого о желании выйти из совета заявили еще четыре его члена — правозащитники Людмила Алексеева, Валентин Гефтер, Борис Пустынцев и вице-президент РСПП Игорь Юргенс. Но формально они остались в составе совета.
27 августа СПЧ рассмотрел 190 заявок на 13 вакансий. 107 кандидатов были отсеяны из-за несоответствия требованиям, после чего написали жалобы в Кремль и заявили о намерении обратиться в суд. Интернет-голосование по оставшимся кандидатам проходило с 1 по 15 сентября.
4 октября на заседании СПЧ выяснилось, что не все кандидаты, предложенные рабочими группами совета, совпали с победителями интернет-голосования. 1 ноября, на встрече с Михаилом Федотовым, Владимир Путин выразил сожаление, что хорошие специалисты "могут оказаться за бортом", и предложил расширить совет до 55-60 человек.