Причиной гибели сухогруза «Амурская» могли стать повреждения, полученные в порту Киран, предположили сотрудники Дальневосточного следственного управления на транспорте (ДВСУТ) СКР. «Проведен осмотр погрузочно-разгрузочной площадки вблизи поселка Киран Хабаровского края, где происходила погрузка руды на сухогруз „Амурская“ . Для проведения исследования изъяты образцы руды»,— сообщают в пресс-службе ДВСУТ. По версии следствия, «погрузка руды происходила методом „осушения“ (использование приливов-отливов), что могло привести к деформации корпуса судна». Следователи также провели обыски на судах, использовавшихся ОАО «Николаевский-на-Амуре морской порт» в навигацию 2012 года, и на принадлежащем обществу погрузочно-разгрузочном кране, с помощью которого загружалась руда на острове Феклистова, изъяли судовую документацию.
Редактор аналитического портала Maritime Bulletin Михаил Войтенко выводы следствия о том, что по данным морского регистра судно не имело права заниматься перевозкой руды, критикует. «Интересно, а выяснило ли следствие, что изначально теплоход „Амурская“ был шаландой, то есть судном, предназначенным для перевозки обводненных грузов — песка, грунта... то есть грузов куда более разжиженных и, следовательно, опасных, чем золотоносная руда? Его „переделали“ в сухогруз, предназначенный, согласно регистру, для перевозки генеральных грузов и контейнеров. Оно не было приспособлено только для перевозки контейнеров»,— полемизирует со следствием эксперт Maritime Bulletin. По мнению Михаила Войтенко, капитан и владелец судна могли нарушить «правила хорошей морской практики, они могли нарушить правила перевозки определенных видов грузов, в частности навалочных — это вопрос правильной, профессиональной терминологии, но он еще раз демонстрирует нелепость расследования морской катастрофы не специалистами, а следователями».