10 мая 2011 года Следственный комитет (СК) РФ возбудил против Алексея Навального уголовное дело по ч. 3 ст. 165 УК РФ (причинение имущественного ущерба без признаков хищения). По версии следствия, господин Навальный, будучи советником кировского губернатора Никиты Белых, в период с 2009 по 2010 год "путем обмана и злоупотребления доверием" вынудил ГУП "Кировлес" заключить невыгодный договор на поставку древесины с ООО "Вятская лесная компания". Ущерб был оценен в 1,3 млн руб. 10 апреля 2012 года дело было закрыто следственным управлением СК по Кировской области за отсутствием состава преступления, однако 29 мая вновь возобновлено по распоряжению руководства СК.
31 июля 2012 года СК переквалифицировал Алексею Навальному обвинение на ч. 3 ст. 33, ч. 4. ст. 160 УК (организация присвоения чужого имущества в особо крупном размере). По версии следствия, в период работы господина Навального советником Никиты Белых было похищено более 10 тыс. кубометров лесопродукции, принадлежащей ГУП "Кировлес". Ущерб был оценен в 16 млн руб. В отношении него была избрана мера пресечения в виде подписки о невыезде. 18 января 2013 года ему было предъявлено окончательно обвинение.
В декабре 2011-го и мае 2012 года Алексей Навальный дважды подвергался административным арестам на 15 суток за неповиновение сотрудникам полиции. В первый раз — после митинга на Чистопрудном бульваре, во второй — после участия в протестных "гуляньях" оппозиции. 30 октября 2012 года суд оштрафовал его на 30 тыс. руб. за участие 27 октября в несанкционированной акции в поддержку арестованных по «болотному делу» возле здания ФСБ.
8 августа 2012 года прокуратура Вологодской области потребовала через суд признать экстремистскими листовки от имени "Единой России", распространяемые через сайт господина Навального "Добрая машина пропаганды". В декабре 2012 года Вологодский облсуд признал листовку экстремистской. Результаты проверки прокуратуры были также переданы в СК для возбуждения дела по ст. 282 УК РФ (разжигание ненависти либо вражды).
28 августа 2012 года сотрудники СК провели обыск в помещениях ООО "Кобяковская фабрика по лозоплетению", принадлежащего родителям Алексея Навального. В ведомстве сообщили, что следователи искали улики по уголовному делу о растрате имущества "Кировлеса". Сам оппозиционер заявил, что обыски стали местью ему за распространение информации о зарубежном бизнесе главы СК РФ Александра Бастрыкина.
14 декабря 2012 года СК возбудил дело о мошенничестве в отношении Алексея Навального и его брата Олега, первого замгендиректора EMS Russian Post, филиала «Почты России». По версии следствия, они обманули на 55 млн руб. российское представительство Yves Rocher ООО «Ив Роше Восток» при перевозке производимых им товаров в 2008-2011 годах. В офисе Олега Навального провели обыски. 20 декабря братьям было предъявлено обвинение.
18 декабря 2012 года стало известно, что губернатора Кировской области Никиту Белых и его экс-советника Алексея Навального проверят на причастность к делу о превышении должностных полномочий при продаже госимущества — 25,5% акций ОАО «Уржумский спиртоводочный завод» по заниженной, как считает СКР, стоимости. Известно, что материалы были выделены в отдельное производство в ходе расследования уголовного дела о растрате имущества предприятия «Кировлес».
25 декабря 2012 года оппозиционер стал фигурантом еще одного дела. Из дела о растрате в «Кировлесе» ГСУ СКР выделило в отдельное производство материалы о хищении 100 млн руб. у партии СПС фирмой «Аллект» Алексея Навального во время избирательной кампании 2007 года.