Создано 21 мая 2012 года при преобразовании Министерства здравоохранения и социального развития. Является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке и реализации госполитики в сфере здравоохранения, обязательного медицинского страхования, обращения лекарственных средств, медицинской помощи и реабилитации, фармацевтической деятельности и других. В ведении Минздрава находятся Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения, Федеральное медико-биологическое агентство и еще около 200 учреждений здравоохранения, в том числе 57 научных и 56 образовательных учреждений (в их числе — 47 вузов), 46 санаторно-курортных учреждений. Кроме того, Минздрав координирует деятельность Федерального фонда обязательного медицинского страхования. Численность работников центрального аппарата Минздрава — 549 человек.
Бюджет министерства на 2013 год — 283,1 млрд руб., на плановый период 2014 и 2015 годов — 271,3 млрд руб. и 202,8 млрд руб. соответственно.