6 ноября 2012 года Владимир Путин отправил в отставку министра обороны Анатолия Сердюкова. Его место в тот же день занял Сергей Шойгу, который возглавлял Министерство по чрезвычайным ситуациям рекордные 18 лет и пробыл губернатором Московской области не менее рекордные 6 месяцев. С первых же дней в Минобороны господин Шойгу приступил к ревизии полученного наследия.
Отставку Анатолия Сердюкова господин Путин мотивировал тем, что необходимы условия для создания "условий объективного расследования всех вопросов, возникших вокруг Минобороны" (см. стр. 4). По сведениям "Ъ", господин Шойгу узнал о новом назначении за полчаса до официального заявления господина Путина.
Изначально позиции нового министра были почти идеальны: его предшественник поссорился со всеми, с кем можно. Это и гендиректор госкорпорации "Ростехнологии" Сергей Чемезов (экс-министр пытался забрать себе активы дочерней структуры госкорпорации "Рособоронэкспорт"), и вице-премьер Дмитрий Рогозин (при Анатолии Сердюкове Минобороны с боями закупало продукцию российского ОПК), и глава президентской администрации Сергей Иванов. Элитные конфликты подкреплялись ощущением того, что бывшего министра обороны не любят в армии. У нового министра таких отягощений не было.
7 ноября господин Шойгу указом президента был восстановлен на воинской службе в звании генерала армии. Этот штрих должен был показать офицерскому корпусу, что в ведомство пришел свой человек.
На первых порах господин Шойгу отменял непопулярные решения Анатолия Сердюкова. Спустя сутки после назначения он поручил включить кадетов Суворовского и Нахимовского училищ в Парад Победы. Через несколько дней заново было воссоздано управление боевой подготовки, ликвидированное в ходе реформы в 2009 году. Спустя несколько недель были возрождены медицинские и спортивные роты. Все это вызывало одобрение у военной и околовоенной общественности. Но с каждым днем в Минобороны становится все меньше того, что господин Шойгу сможет исправить за своим предшественником. В скором времени ему придется принимать свои решения, которые могут быть восприняты уже не так одобрительно.
Генералу Шойгу предстоит лично следить за состоянием гособоронзаказа, а ведь он ни разу при Анатолии Сердюкове, как, впрочем, и при всех остальных министрах, полностью не выполнялся. При экс-министре это связывалось с внедренной им практикой максимального снижения суммы контрактов с оборонными предприятиями. Сергей Шойгу дал указание скорректировать оборонзаказ. По данным "Ъ", в декабре были заключены контракты на приобретение снарядов и боеприпасов российского производства на 5 млрд руб., хотя вопрос их утилизации остается в числе первых. Также новый министр принял решение о закупке боевой машины десанта БМД-4М, которую на протяжении года просил приобрести командующий ВДВ Владимир Шаманов и которую не хотел брать Анатолий Сердюков.
Новому министру придется уделить внимание комплектации вооруженных сил контрактниками — до 2017 года их численность должна составить порядка 425 тыс. человек (планируемый ежегодный прирост по 50 тыс. человек в предыдущие годы достигался с трудом). Ему надо понять, что именно нужно сделать с системой военного образования — "болонская система" обучения Сергеем Шойгу уже была отменена, на очереди вопрос о систематизации 71 вуза в 10 учебных учреждений. Новому министру придется определиться не только со структурой самих войск, но и с системой их управления (при Анатолии Сердюкове было три звена: объединенное стратегическое командование--оперативное командование--бригада). Надо будет понять, насколько реально оказались боеспособны войска воздушно-космической обороны, созданные в декабре 2011 года, определить роль главкоматов ВВС, ВМФ и сухопутных войск, поскольку начиная с 2008 года их роль в системе Минобороны только снижалась: от первоначальных 20 функций осталось лишь пять.
В данный момент Сергей Шойгу уделяет наибольшее внимание вопросу имущества, находящегося и находившегося в распоряжении ведомства. Новому главе департамента имущественных отношений Дмитрию Куракину, пришедшему из администрации Мособласти, дано задание провести не только аудит состояния объектов Минобороны, но и доложить, какие здания и земли продавались раньше. И при необходимости отправлять результаты собственной проверки в следственные органы. Кроме того, Сергей Шойгу предложил часть полномочий по управлению активами Минобороны доверить Росимуществу. Здесь его ждала неудача. Глава Минэкономразвития Андрей Белоусов назвал это решение нецелесообразным. Тем не менее министр обороны отстаивает свою идею.
Следующий на очереди спор — с министром финансов Антоном Силуановым, поскольку военный бюджет постоянно требует дополнительных вливаний, а Минфин доказывает, что лишних денег нет. Например, в июне 2012 года Анатолий Сердюков безуспешно просил Минфин увеличить бюджетные расходы на обеспечение жильем военных в четыре раза — до 366 млрд руб. Теперь деньги просить придется Сергею Шойгу.