25 июня 1997 года активист фракции НДР в Госдуме, глава комитета по обороне Лев Рохлин выступил с обращением "К верховному главнокомандующему и военнослужащим России", в котором генерал-депутат призвал военных самостоятельно бороться за свои права и обвинил Бориса Ельцина в развале армии. Через месяц он сделал громкое заявление о коррупции в Минобороны. Руководство фракции, в частности ее лидер Сергей Беляев, отмежевались от заявлений Рохлина. В июле 1997 года создал и возглавил оппозиционное движение в поддержку армии. В сентябре этого же года генерал был выгнан из рядов НДР. 20 мая 1998 года он был снят с поста руководителя комитета по обороне Госдумы. Место Рохлина занял член НДР Роман Попкович. 3 июля 1998 года генерал был застрелен на своей даче.
29 августа 1997 года председатель думской фракции НДР Сергей Беляев заявил о выходе из НДР по "политическим мотивам". По неофициальным сведениям, причина ухода — конфликт Беляева с руководством движения, прежде всего с Владимиром Бабичевым. Вместе с ним из НДР ушел и Николай Травкин.
5 сентября этого же года главой фракции стал первый вице-спикер Думы Александр Шохин. 16 сентября Шохин стал вице-премьером правительства Евгения Примакова. Сразу же начался дележ места руководителя фракции. На это кресло претендовали Роман Попкович, Андрей Поляков и Владимир Зорин. Однако уже через десять дней Шохин написал заявление о своем выходе из правительства и вернулся в Думу на пост главы фракции.