17 апреля 2002 года работники прокуратуры обыскали здание администрации Ненецкого автономного округа и изъяли документы, связанные с рабочим графиком главы округа Владимира Бутова, обвиненного в неисполнении решения суда. В течение года в отношении него завели еще несколько дел, однако в декабре 2002 года они были закрыты по "реабилитирующим основаниям".
4 сентября 2003 года сотрудники прокуратуры и УВД обыскали кабинет и квартиру тверского губернатора Владимира Платова. Следователи искали доказательства его причастности к афере с облигациями на 463 млн руб. В декабре 2003 года он проиграл очередные выборы. В 2005 году уже бывший губернатор получил пять лет тюрьмы (в 2006 году суд смягчил наказание до трех лет условно).
13 мая 2004 года произведена выемка документов в кабинете саратовского губернатора Дмитрия Аяцкова. Следователи расследовали растрату 70 млн руб. при закупке в 1998 году комбайнов. 17 мая губернатору были предъявлены обвинения, однако через четыре дня Генпрокуратура отменила постановление о возбуждении дела.
В ночь на 16 июля 2005 года обыску подверглись кабинет и квартира главы Ивановской области Владимира Тихонова, который подозревался в получении взятки от дорожно-строительной фирмы. 20 декабря губернатор добровольно сложил полномочия, а 4 сентября 2006 года его уголовное преследование прекратилось за отсутствием состава преступления.
19 мая 2006 года Генпрокуратура произвела обыск кабинета и квартиры губернатора Ненецкого автономного округа Алексея Баринова в рамках дела о хищении из ОАО "Архангельскгеолдобыча" 30 млн руб. 21 июля он был отстранен от должности и 6 сентября 2007 года осужден по одному из эпизодов дела на три года условно.
18 апреля 2007 года обыск прошел в кабинете амурского губернатора Леонида Короткова. Результатом проверки стало возбуждение четырех уголовных дел, в том числе о незаконном финансировании ФК "Амур". 10 мая он был отправлен в отставку. В 2010 году суд оправдал экс-губернатора по всем эпизодам.
В мае 2008 года обыски прошли в особняке и рабочем кабинете губернатора Приморья Сергея Дарькина в рамках расследования дела о незаконном отчуждении госнедвижимости. Чиновник был госпитализирован в "предынфарктном состоянии" и прошел курс лечения в столичной ЦКБ. В июне он вернулся к исполнению обязанностей.