19 августа 1999 года американские газеты сообщили, что ФБР расследует отмывание через Bank of New York (BoNY) до $10 млрд, в том числе, возможно, украденной части выданного России в 1998 году стабилизационного кредита МВФ. Среди лиц, якобы причастных к махинациям, СМИ называли известных российских политиков и бизнесменов, в том числе Анатолия Чубайса, Олега Сосковца, Александра Лившица, Владимира Потанина, Татьяну Дьяченко. Генпрокуратура и Министерство по налогам и сборам провели проверки ряда российских банков, подозреваемых в возможном выводе денег за рубеж, но нарушений не нашли. Однако в США по этому делу были осуждены три человека, а руководство BoNY признало "халатность в выявлении преступных схем" и возместило $12 млн пострадавшим банкам и $26 млн властям.
30 ноября 2004 года заместитель директора департамента международных финансовых отношений Минфина Денис Михайлов был обвинен в получении взятки за разглашение секретной справки со схемами урегулирования госдолгов около десятка развивающихся стран. Чиновник получил автомобиль Mercedes SLK 350 стоимостью $87 тыс. от бизнесменов, которые собирались использовать конфиденциальную информацию для получения "откатов" при урегулировании долгов. 27 июля 2006 года Мосгорсуд приговорил Михайлова к 10 годам колонии строгого режима. Позже срок был сокращен до пяти лет, а в апреле 2008 года Михайлов был освобожден по УДО.
В феврале 2005 года ряд СМИ распространили заявление бывшего ведущего инспектора Счетной палаты Натальи Кузнецовой, выявившей в 2002 году при проверке Внешэкономбанка, Росбанка и активов Минфина нарушения в управлении внешним долгом и активами в иностранной валюте. По ее словам, Минфин выкупил на вторичном рынке собственные долговые обязательства (в виде облигаций внутреннего государственного валютного займа, еврооблигаций и векселей в иностранной валюте) по цене ниже номинала, но не уничтожил их, а разместил на счетах Внешэкономбанка и Росбанка, причем без заключения депозитарного договора. Были выявлены и другие нарушения, в частности неправомерное взимание банками комиссий при начислении процентов по этим бумагам. Как рассказала Кузнецова, руководство Счетной палаты не дало ход материалам проверки, а сама инспектор через некоторое время была уволена.
15 ноября 2007 года заместитель министра финансов Сергей Сторчак был обвинен в хищении бюджетных денег путем мошенничества с выплатами при реструктуризации долга Алжира России. Вместе с ним по делу проходили председатель совета директоров Межрегионального инвестиционного банка Вадим Волков и руководитель ЗАО "Содэксим" (компании-клиента банка) Виктор Захаров. По версии следствия, Сторчак, курировавший долговые вопросы, завысил на $43,4 млн сумму, которая должна была быть выплачена "Содэксиму" (эта компания в 2006 году выкупила часть алжирского долга) через Межрегиональный инвестиционный банк. 3 декабря 2008 года стало известно о появлении второго дела против Сторчака — о превышении полномочий в ходе урегулирования долга СССР Кувейту, но через два дня постановление о его возбуждении было отменено. 31 января 2011 года дело об алжирском долге было прекращено за отсутствием события преступления.