Команда разработчиков "Эльбруса" всегда была тесно связана с оборонной отраслью. Уже первый компьютер M-40, построенный ими в 1957-1959 годах на вакуумных лампах, оказался в распоряжении советских военных. Следующая машина (1964-1969 годы), построенная на транзисторах, использовалась в первой в СССР системе противоракетной обороны, защищавшей Москву. Через десять лет появился "Эльбрус-1" — ЭВМ, работавшая на десяти процессорах. В 1984 году группа разработала по заказу советского правительства 10-процессорный суперкомпьютер "Эльбрус-2", использовавшийся в вооруженных силах, в частности в системе противоракетной обороны страны.
В 1991 году был построен "Эльбрус-3", 16-процессорный вычислительный комплекс, в котором были опробованы основные методы, используемые в E2K. Американские электронщики в то время только начинали обсуждать подобные идеи. "Эльбрус-3" был реализован на полупроводниковой технологии, которая существенно отставала от западной, но по производительности вдвое опережал самый быстрый американский суперкомпьютер того времени — Cray Y-MP. В серию "Эльбрус-3" не пошел.
Группа компаний "Эльбрус" и сейчас продолжает работать на оборонный госзаказ, не рассчитывая, впрочем, на оплату со стороны Министерства обороны. Группа разработала процессор "Багет-супер", совместимый с процессорами SPARC фирмы Sun Microsystems. Хотя этот процессор не очень быстрый (80 млн операций/сек.), он обеспечивает российским военным независимость от западных поставщиков. Опытные образцы чипов были изготовлены во Франции, поскольку в России сейчас нет необходимой технологической базы. Однако военные собираются закупить модуль для производства полупроводников, чтобы выпускать "Багеты" в России. Под этот проект группа "Эльбрус" разрабатывает для военных вычислительный комплекс "Эльбрус-90 микро" на базе процессора "Багет". В планах группы и разработка по заказу Минобороны многопроцессорного комплекса "Эльбрус-3М" на базе значительно более производительного процессора (8 млрд операций/сек.). По заказу Министерства обороны разрабатываются также вычислительные комплексы для систем ПВО С-300 и С-400.