11 декабря 1998 года парламент КЧР назначил на 25 апреля 1999 года первые прямые выборы главы республики. Полномочия карачаевца Владимира Хубиева, руководившего регионом с 1979 года, истекали в мае. Фаворитами считались мэр Черкесска Станислав Дерев (черкес) и бывший главком сухопутных войск Владимир Семенов (наполовину карачаевец).
2 апреля 1999 года на пути следования кортежа Владимира Семенова взорвалась связка гранат, генерал не пострадал.
25 апреля Станислав Дерев получил в первом туре выборов 43,1% голосов, Владимир Семенов — 17,9%. В республике начались теракты, обстрелы и поджоги избирательных штабов обоих кандидатов. Столкновения приобрели межнациональный характер.
16 мая во втором туре Владимир Семенов получил 75%, Станислав Дерев — 18%. Последний оспорил итоги выборов и пригрозил выходом черкесских территорий из состава КЧР. Жители черкесских селений перекрыли трассы на Пятигорск и Ставрополь.
18 мая Владимир Семенов и Станислав Дерев подписали "мирное соглашение", однако беспорядки продолжились. В республику прибыли дополнительные силы МВД и ФСБ.
24 мая президент Борис Ельцин назначил врио главы КЧР зампреда ЦИКа Валентина Власова (проработал до 24 сентября). В ответ в Карачаевске началась массовая забастовка, участники которой требовали вступления господина Семенова в должность.
31 августа на митинге в Черкесске сторонники Станислава Дерева провозгласили черкесскую автономию и объявили о создании собственных органов власти. В городе начались уличные столкновения между черкесами и карачаевцами.
22 октября Верховный суд РФ признал результаты выборов главы КЧР действительными.
23 октября на встрече с Семеновым и Деревым премьер Владимир Путин заявил о завершении конфликта.
В январе 2000 года при участии депутата Госдумы от КЧР Бориса Березовского в республике создан консультативный совет, в который вошли по три представителя от всех национальностей.
29 июля 2000 года при участии полпреда президента Виктора Казанцева стороны договорились о том, что пост вице-главы КЧР получит русский, а премьера — черкес. Станислава Дерева полпред забрал к себе в аппарат советником.