11 ноября 1994 года указом президента Бориса Ельцина был освобожден от занимаемой должности министр — руководитель аппарата правительства Владимир Квасов. В документе говорилось, что министр уходит в отставку по собственной просьбе, но в июне того же года президент на пресс-конференции требовал от премьер-министра Виктора Черномырдина чистки аппарата правительства: «Там во главе с Квасовым столько, понимаешь, напринимали, что полгода надо разбираться».
11 марта 1997 года президент Борис Ельцин подписал указ об отставке правительства Виктора Черномырдина. Свои посты в новом правительстве сохранили только сам Виктор Черномырдин и первый вице-премьер Анатолий Чубайс, назначенный на эту должность 7 марта.
23 марта 1998 года президент Борис Ельцин отправил в отставку Виктора Черномырдина и его правительство. Официальной причиной президент называл стремление сформировать более энергичную и работоспособную команду для обеспечения экономического подъема и решения социальных проблем, но высказывались версии и о президентских амбициях премьер-министра.
25 сентября 1998 года в отставку подал вице-премьер Александр Шохин, назначенный на эту должность 16 сентября того же года. По собственному заявлению, причиной отставки стало назначение на должность министра финансов Михаила Задорнова, которое вице-премьер назвал «политической ошибкой». 30 сентября указ был подписан президентом Борисом Ельциным.
12 мая 1999 года президентским указом было отправлено в отставку правительство Евгения Примакова, сформированное в сентябре 1998 года. Как отмечалось в заявлении, распространенном пресс-службой главы государства, правительство «выполнило поставленную перед ним тактическую задачу».
24 февраля 2004 года президент Владимир Путин в прямом телеэфире заявил об отставке правительства Михаила Касьянова с целью «еще раз обозначить, каким будет курс после (президентских выборов.— “Ъ”) 14 марта». Решение, по словам главы государства, вызвали две причины: политическая и административно-правовая. На следующий день господин Касьянов признал, что его отставка до выборов «была неожиданной».
12 сентября 2007 года на встрече с президентом Владимиром Путиным премьер-министр Михаил Фрадков обратился с просьбой об отставке правительства. Он обосновал свое решение «приближающимися крупными политическими событиями в стране и своим желанием предоставить президенту России полную свободу выбора решений, включая кадровые». Президент отставку принял и в тот же день наградил господина Фрадкова орденом «За заслуги перед Отечеством» I степени «за выдающийся вклад в реализацию социально-экономической политики государства».
26 сентября 2011 года президент Дмитрий Медведев подписал указ об отставке министра финансов, вице-премьера Алексея Кудрина. Поводом для отставки стало высказанное накануне господином Кудриным нежелание работать в правительстве, которое был должен сформировать Дмитрий Медведев в мае 2012 года.
17 октября 2012 года по собственному желанию пост министра регионального развития покинул Олег Говорун. 19 сентября того же года он получил выговор за недостаточную активность при исполнении указов главы государства. Как объяснил на «большой пресс-конференции» 20 декабря президент Владимир Путин, чиновник не хотел заниматься «хозяйственной работой».