Планы по созданию единого ведомства для надзора за финансовыми рынками появились в первой половине 2000-х. В ноябре 2003 года создание мегарегулятора обсуждалось на заседании правительства, по итогам которого Минфину, Минэкономразвития и другим ведомствам было поручено «представить свои предложения» по этому вопросу.
В марте 2004 года первым шагом по реализации данной инициативы стало создание Федеральной службы по финансовым рынкам (ФСФР). Предполагалось, что мегарегулятор сформируют на ее основе как коллегиальный и независимый орган. При этом он должен был объединить не только регулирование страхового и фондового рынков, но и банковский надзор.
В 2005 году концепция создания мегарегулятора была официально выдвинута ФСФР в проекте «Стратегии развития финансового рынка на 2006–2008 годы». В феврале 2006 года правительство утвердило основные принципы стратегии, однако идея независимости регулятора от исполнительной власти была отвергнута, так же, как и передача ему контроля над банками.
К маю 2007 года из-за противоречий в правительстве процесс обсуждения был практически остановлен, а главный лоббист создания мегарегулятора глава ФСФР Олег Вьюгин ушел в отставку. Сменивший его Владимир Миловидов заявил, что служба «уже сейчас является мегарегулятором» и дополнительные функции ей вряд ли понадобятся.
В апреле 2009 года эту тему вновь поднял помощник президента Аркадий Дворкович, заявивший о целесообразности создания такого института. В сентябре свой законопроект о создании мегарегулятора как саморегулируемой организации участников рынка внесли в Госдуму депутаты-справороссы, однако поддержки он не получил.
В середине декабря 2010 года Минфин обнародовал проект указа президента, предусматривающий создание мегарегулятора на базе подконтрольного главе государства Росстрахнадзора путем присоединения к нему подчиненной правительству ФСФР. В конце месяца, после совещания у президента Дмитрия Медведева, концепция поменялась: предлагалось упразднить уже Росстрахнадзор и передать его функции ФСФР.
4 марта 2011 года Дмитрий Медведев подписал указ «О мерах по совершенствованию государственного регулирования в сфере финансового рынка», предусматривающий создание мегарегулятора на базе ФСФР.
В конце августа 2012 года по итогам двух правительственных совещаний концепция снова изменилась: прозвучало предложение создать единый надзорный орган за всеми участниками финансового рынка на базе Банка России.
12 сентября 2012 года Минфин официально подтвердил информацию о планах создать мегарегулятор на базе ЦБ с включением в его структуру ФСФР до конца 2013 — начала 2014 годов. В декабре 2012 года премьер-министр Дмитрий Медведев направил президенту Владимиру Путину письмо с соответствующим предложением.
В марте 2013 года Минфин разработал и вывесил на своем сайте для обсуждения проект закона о мегарегуляторе.
2 апреля законопроект внесен в Госдуму, 17 мая принят в первом чтении.