Компания "Итера" создана уроженцем Ашхабада Игорем Макаровым в 1992 году. Изначально перепродавала туркменский газ украинским потребителям по бартерным схемам. В 1995 году стала посредником при поставках газа из Туркмении на Украину по соглашению с "Газпромом", который передал ей ряд крупных добывающих активов. К началу 2000-х годов трейдерский бизнес "Итеры" достиг оборота $3 млрд с объемом реализации 80 млрд куб. м. Одновременно компания стала вторым после "Газпрома" производителем газа в России с годовой добычей в 23 млрд куб. м и 1 трлн куб. м запасов.
После ухода в 2001 году из "Газпрома" Рема Вяхирева "Итера" лишилась доступа к экспортным рынкам. Также она вернула структурам "Газпрома" и Газпромбанка контроль над ключевыми добывающими активами, такими как "Пургаз", "Запсибгазпром" и "Сибнефтегаз", а вместе с ними и лицензии на Южно-Русское (запасы 833 млрд куб. м) и Береговое (150 млрд куб. м) месторождения.
С 2002 года "Итера" безуспешно пыталась найти нового крупного партнера. Неудачей завершились попытки объединения с НОВАТЭКом и индийской Sun, не удалось вывести компанию на IPO. В 2011 году ТНК-BP подала ходатайство о покупке "Итеры" в ФАС, но в итоге стороны не сошлись в цене. В 2012 году "Итера", добывая в два раза меньше газа, чем в начале 2000-х, заключила соглашение о стратегическом партнерстве с "Роснефтью". Госкомпания получила 51% "Итеры" в обмен на лицензию на месторождения Кынско-Часельской группы и $175 млн.
Стоит также отметить, что с 2005 года "Итера" выступает спонсором проекта по спасению журавлей-стерхов "Полет надежды". В рамках этого проекта в сентябре 2012 года полет на дельтаплане совершил Владимир Путин.