Исламская партия Туркестана ведет свою историю от созданного в 1996 году Исламского движения Узбекистана (ИДУ). Основной целью ставит свержение президента Узбекистана Ислама Каримова и создание халифата. Под нынешним названием упоминается с начала 2000-х годов.
Военное крыло ИДУ возглавлял Джума Намангани. Численность его отрядов оценивалась в 5 тыс. человек. До конца 1990-х годов большая часть боевиков базировалась в Таджикистане. В августе 1999 года около 1 тыс. членов ИДУ попытались прорваться в Узбекистан через Баткенский район Киргизии. Лишь в октябре в результате совместной войсковой операции двух стран боевики были вытеснены в Афганистан. Россия оказала союзникам помощь боеприпасами и техникой.
В 2001 году отряды ИДУ воевали против сил НАТО на стороне талибов. Вскоре после гибели в ноябре 2001 года Джумы Намангани они переместились в Пакистан.
В 2000 году ИДУ вошло в список террористических организаций Госдепа США. В 2003 году под именем Исламской партии Туркестана его признал террористическим Верховный суд РФ. Боевикам ИДУ приписывали крупные теракты в Узбекистане, Киргизии и Таджикистане. Например, подрыв шести машин в центре Ташкента в 1999 году (погибли 28 человек, 351 был ранен) и нападение на РУБОП в таджикском Худжанде в 2010-м (3 милиционера погибли, 28 были ранены). ФСБ России неоднократно отчитывалась в экстрадиции членов Исламской партии Туркестана, причастных к терактам в других странах. Об их диверсионной деятельности в РФ ранее не сообщалось.