Бывший заместитель губернатора Ульяновской области (1992-1996 годы) и экс-спикер областного законодательного собрания (1996-2001) Сергей Рябухин работает аудитором Счетной палаты с июня 2001 года. Он переназначался на должность в 2007 и 2012 годах.
С 2002 года занимался проверкой финансирования восстановления Чечни. Выявил нарушения на 5 млрд руб. из общего объема 62 млрд руб., выделенных из федерального бюджета в 2000-2005 годах.
В 2004 году обнаружил 1,5 млрд руб. финансовых нарушений, допущенных властями Чукотки. Кроме того, выяснил, что в 2001-2003 годах губернатор региона Роман Абрамович предоставил 13,7 млрд руб. налоговых льгот преимущественно структурам собственной компании "Сибнефть".
По данным СМИ, в 2006 году материалы проведенных под его руководством проверок использовались при уголовном преследовании двух губернаторов — Алексея Баринова (Ненецкий автономный округ) и Алексея Лебедя (Хакасия).
В 2008 году предлагал создать федеральную дирекцию для координации работ по восстановлению Южной Осетии, чтобы снизить уровень злоупотреблений в республике.
В 2010 году после отставки мэра Москвы Юрия Лужкова проводил проверку транспортного комплекса столицы. Отчитался о выявленных нарушениях на 215 млрд руб. за период 2008-2010 годов.
В сентябре--октябре 2012 года возглавлял совместный с МВД аудит деятельности фонда "Сколково", вскрывший финансовые нарушения на 3,8 млрд руб. Позже аудитор сообщил о нарушениях при выдаче "Сколково" грантов объемом 5,8 млрд руб. и увеличении расходов на зарплаты сотрудников фонда с 75,5 млн руб. в 2010 году до 1 млрд руб. в 2011 году.