В 2000 году IKEA отказалась от строительства эстакады, ведущей к торговому центру в Химках, из-за претензий властей Москвы. Разрешение дали через четыре года, когда IKEA начала строить в Химках центр "Мега". В декабре 2004 года его открытие дважды откладывалось из-за претензий химкинской администрации, считавшей, что парковка ТЦ находилась слишком близко к газопроводу. Комплекс открыли, когда IKEA согласилась перенести газопровод и пожертвовать $1 млн на развитие детского спорта.
В 2002 году IKEA отказалась от проекта ТЦ в Нижнем Новгороде, не сумев договориться с чиновниками о сумме затрат на инженерную подготовку территории. В октябре 2006 года был открыт магазин в Нижегородской области. В декабре по решению суда его закрыли на два месяца из-за замечаний пожарного надзора.
В ноябре 2003 года Минприроды предписало IKEA остановить строительство практически готового объекта под Санкт-Петербургом из-за отсутствия заключения экологической экспертизы. Компания оперативно получила документ и открыла комплекс по графику. В 2004 и 2005 годах на тех же основаниях приостанавливалось строительство ТЦ в Екатеринбурге.
В августе 2005 года инспекция Госархстройнадзора приостановила строительство "Меги" в Казани из-за использования недостаточно прочного бетона. В сентябре 2006 года IKEA на время прекращала стройку "Меги" в Ростове-на-Дону из-за проблем с оформлением разрешения на строительство.
В ноябре 2007 года власти Самары запретили компании открывать магазин из-за выявленных Стройнадзором нарушений в проекте. Ввод комплекса откладывался более десяти раз, открытие состоялось лишь в сентябре 2011 года.
В феврале 2010 года руководство шведской компании уволило директора IKEA по Центральной и Восточной Европе Пера Кауфмана и директора по недвижимости IKEA в России Стефана Гросса за "проявление терпимости по отношению к коррупционным действиям подрядчика". Выяснилось, что торговый центр в Петербурге подключили к энергосетям с помощью взятки.