В мае 2003 года комиссия правительства по оптимизации расходов предложила финансировать РАН не напрямую, а через Минпромнауки. Академикам тогда удалось убедить власти не лишать их финансовой самостоятельности.
1 сентября 2004 года Минобрнауки одобрило концепцию участия РФ в управлении имущественными комплексами в сфере науки. Предлагалось лишить РАН статуса автономного управленца научного сектора и оставить госфинансирование только для 100 НИИ. Президиум академии потребовал отставки министра Андрея Фурсенко, академические профсоюзы провели акции протеста. В итоге концепцию смягчили — за РАН признали приоритетную роль "в генерации российской научной мысли".
7 сентября 2006 года правительство одобрило поправки в закон "О науке", по которым президент РАН утверждается главой государства, а устав — правительством. Принятая позже окончательная редакция закона была еще более жесткой: в зависимость от решений правительства попало финансирование академических институтов и управление их имуществом.
В феврале 2007 года правительство разработало проект устава РАН, превращавший академию в "клуб ученых". Президиум лишался финансовых и административных полномочий, управлять академией должен был наблюдательный совет, состоящий в основном из представителей власти. 28 марта общее собрание РАН единогласно приняло свой вариант устава, не учтя пожелания правительства. Более того, в новом варианте академия получила государственный статус и стала самостоятельным субъектом бюджетного планирования. 19 ноября правительство утвердило устав в версии РАН.
27 февраля 2008 года правительство утвердило программу фундаментальных исследований с финансированием в 253 млрд руб. на пять лет. В то же время академики впервые получили внешнего контролера — руководство программой возложили на координационный совет, в который вошли представители власти.
24 марта 2013 года министр образования Дмитрий Ливанов заявил о неэффективности РАН, предложив создать альтернативную организацию из "ученых дееспособного возраста". В ответ академики Жорес Алферов и Владимир Фортов вышли из общественного совета при Минобрнауки и потребовали извинений, которые были принесены.