25 апреля 2013 года мировой суд Пресненского района Москвы оштрафовал на 400 тыс. руб. ассоциацию "Голос" за отказ регистрироваться в качестве иностранного агента. Суд, в частности, счел зарубежным финансированием премию имени Андрея Сахарова в размере €50 тыс., которую "Голосу" в 2012 году присудил Норвежский Хельсинкский комитет "за пропаганду демократических ценностей". 14 июня Пресненский райсуд подтвердил вердикт мирового суда.
29 мая мировой суд Костромы оштрафовал на 300 тыс. руб. НКО "Костромской центр поддержки общественных инициатив". Поводом стало проведение центром, который, по данным прокуратуры, "систематически получает финансирование из иностранных источников", круглого стола с участием дипломатов из США. 12 августа Свердловский райсуд Костромы подтвердил наложение штрафа.
19 июня мировой суд в Петербурге признал иностранным агентом общественную ЛГБТ-организацию "Выход". НКО обвиняли в том, что она нелегально занимается политической деятельностью, в частности выступает против закона о пропаганде гомосексуализма, а также получает финансирование из-за рубежа. Организация была оштрафована на 500 тыс. руб. 25 июля Василеостровский райсуд Петербурга отменил решение мирового суда и направил дело на пересмотр.
16 июля Петербургский городской суд отклонил иск прокуратуры, обвинявшей местный филиал центра "Мемориал" в неисполнении обязанностей иностранного агента и нарушении закона о НКО. Ранее Ленинский райсуд Петербурга и судья мирового судебного участка N8 возвращали материалы в прокуратуру в связи с тем, что представленные надзорным органом материалы содержат существенные недостатки. Так, в деле отсутствовали доказательства финансирования деятельности НКО из иностранных источников, осуществления акций, призванных повлиять на проведение государственной политики.
9 августа Замоскворецкий суд Москвы отклонил жалобу АНО "Центр антикоррупционных исследований и инициатив "Трансперенси Интернешнл-Р"" на предостережение прокуратуры о недопустимости нарушения закона о НКО. В иске представители НКО обжаловали прокурорскую проверку и предостережение о необходимости регистрации в качестве иностранного агента.