В январе 2013 года Главное военное следственное управление (ГВСУ) СКР возбудило дело по факту злоупотребления полномочиями, допущенного "неустановленными должностными лицами Минобороны" при строительстве дороги протяженностью 6,7 км и мостов к базе отдыха "Житное" в Астраханской области, принадлежащей зятю экс-министра Анатолия Сердюкова Валерию Пузикову. Ущерб был оценен в 15,5 млн руб. Следствие также выяснило, что военнослужащих незаконно привлекали к озеленению самой базы. Господин Сердюков, проходящий по делу свидетелем, назвал помощь военных в строительстве "служебной необходимостью".
В феврале ГВСУ начало доследственную проверку по факту передачи участка земли площадью более 9 тыс. кв. м в селе Большой Утриш Анапского района Краснодарского края, выделенного Минобороны для размещения РЛС, под элитную застройку Валерию Пузикову. 19 февраля господин Сердюков побывал на допросе в СКР по этому эпизоду, но отказался свидетельствовать против себя и своих родственников.
В марте Высший арбитражный суд расторг одобренную экс-министром сделку о продаже Минобороны участка береговой линии ковша Галерного фарватера в Санкт-Петербурге коммерческой компании. В 2010 году землю у военного ведомства за 525 млн руб. выкупило ООО "ТрансСтрой", а в 2011 году продало ее ООО "Новый дом" уже за 600 млн руб. После признания сделки недействительной прокуратура Западного военного округа направила материалы в Главную военную прокуратуру.
В июле ГВСУ возбудило дело в отношении "неустановленных чиновников Минобороны" о продаже по заниженной стоимости Дома садовника в Санкт-Петербурге на территории Таврического дворца. Осенью 2011 года Анатолий Сердюков санкционировал продажу дома подконтрольному господину Пузикову ООО "Стройрент" за 376,5 млн руб., по данным следствия, на 75 млн руб. ниже рыночной стоимости. 23 июля Анатолий Сердюков был допрошен по делу как свидетель.
В июне ГВП начала проверку закупку мебели для Краснодарского кадетского училища. Прокуроры выяснили, что победитель конкурса был выбран с нарушениями, а стоимость мебели завышена на 40 млн руб. Оплата производилась из средств благотворительного фонда "Помощь и милосердие", попечительский совет которого возглавлял Анатолий Сердюков. В августе ГВСУ отказалось возбудить дело по факту злоупотреблений.