Сергей Степашин был назначен председателем Счетной палаты 19 апреля 2000 года. До сегодняшнего дня он проработал на посту 4892 дня.
За это время бюджет палаты вырос в 12,2 раза — с 190 млн руб. в 2000 году до 2,314 млрд руб. в 2013-м. При этом расходы на председателя и его заместителя увеличились почти в 13,8 раза (с 457 тыс. до 6,3 млн руб.), на аудиторов — в 12,8 раза (с 2,6 млн до 33,4 млн руб.). Численность сотрудников возросла на 43% — с 812 до 1163 человек.
В 2000–2012 годах было проведено 695 заседаний коллегии Счетной палаты (в 2000 году — 44, в 2012 году — 58). На них было рассмотрено более 9 тыс. вопросов (в 2000 году — 638, в 2012 году — 874). За этот период палата провела 6531 контрольное и экспертно-аналитическое мероприятие. Число обращений граждан, учтенных палатой при проведении мероприятий, только за последние три года возросло с 1,7 тыс. до 1,9 тыс. По обращениям обеих палат парламента проводилось в среднем около 30 проверок в год.
В 2000–2012 годах Счетной палатой выявлено нарушений законодательства в финансово-бюджетной сфере на сумму 3,35 трлн руб. Из них в 2000 году — на 63,2 млрд. руб., в 2012 году — на 781,4 млрд руб. За этот период по выявленным нарушениям в Генпрокуратуру и иные правоохранительные органы направлено 1554 материала. Возбуждено более 1,3 тыс. уголовных дел (78 — в 2012 году). При этом за последние три года по результатам проверок палаты было уволено 145 человек, привлечено к административной ответственности более 900 человек.