2 июня 2006 года при получении $300 тыс. в офисе авиакомпании "Трансаэро" были задержаны сенатор от Калмыкии Левон Чахмахчян и его зять, помощник аудитора Счетной палаты (СП) Армен Оганесян. По данным следствия, они вымогали взятку за сокрытие негативных результатов проверки компании. В июле того же года ушел в отставку аудитор СП Владимир Пансков, допрошенный в качестве свидетеля. 17 июля 2008 года Мосгорсуд приговорил Чахмахчяна и Оганесяна к девяти и восьми годам заключения соответственно, впоследствии сроки сократили.
6 сентября 2007 года сотрудники ФСБ арестовали прикомандированного к СП военнослужащего Минобороны Юрия Гайдукова. Работавшего начальником одной из инспекций при аудиторе СП Сергее Абрамове полковника заподозрили в вымогательстве €1 млн у руководства ОАО "НПО "Энергомаш"" за внесение изменений в отчет по проверке. Еще одним фигурантом дела стала глава правового департамента СП Зарина Фарниева. Расследование завершено в июле 2013 года, дело передано в суд.
27 сентября 2007 года при получении $120 тыс. задержаны начальник инспекции СП Сергей Климантов и первый вице-мэр Владивостока Сергей Дубовицкий. Позже под стражу взяли заместителя директора департамента по контролю над федеральной собственностью СП Василия Корягина. По версии следствия, они требовали взятку за оформление акта проверки использования имущества подмосковного НИИ "Геодезия" в пользу взявшего часть площадей в аренду предпринимателя. 31 августа 2008 года Мосгорсуд признал всех троих виновными и приговорил к срокам от четырех до восьми лет.
6 июня 2012 года в Москве арестовали бывшего старшего инспектора СП Павла Еремеева. С 2008 года он находился в розыске по делу о хищении в 2002 году 30 млн руб., выделенных из бюджета Бурятии на разработку автоматизированной системы госзакупок. 9 сентября 2013 года суд Улан-Удэ признал Еремеева виновным в мошенничестве и приговорил к пяти годам заключения.