Верховный суд РФ (ВС) ведет свою историю от Верховного суда РСФСР, созданного в январе 1923 года. 28 декабря 1991 года после упразднения Верховного суда СССР он стал высшим судебным органом страны. Основой деятельности ВС является Конституция 1993 года, закрепившая за ним роль "высшего судебного органа по гражданским, уголовным, административным и иным делам, подсудным судам общей юрисдикции". ВС осуществляет надзор за системой судов общей юрисдикции, включающей высшие суды субъектов РФ, районные, городские, военные, специализированные, мировые суды. Всего — более 3 тыс. судебных учреждений. Общая численность судей ВС выросла с 115 человек в 1992 году до 125 человек в настоящее время, численность аппарата за тот же период — с 294 до 1034 работников. Председателем суда с 26 июля 1989 года является Вячеслав Лебедев.
Система арбитражных судов во главе с Высшим арбитражным судом (ВАС) создана на основе закона РСФСР от 4 июля 1991 года "Об арбитражном суде" и фактически начала действовать с 1992 года. Конституция окончательно закрепила за ВАС роль "высшего судебного органа по разрешению экономических споров". ВАС осуществляет надзор за деятельностью 82 арбитражных судов субъектов федерации, 20 арбитражных апелляционных судов, 10 окружных федеральных арбитражных судов, а также нового суда по интеллектуальным правам. Численность судей ВАС на момент создания устанавливалась в 70 человек, на данный момент их 90. Аппарат с 1992 года вырос с 230 до 418 работников. Первым председателем ВАС 21 апреля 1992 года решением съезда народных депутатов был утвержден Вениамин Яковлев. С 25 января 2005 года этот пост занимает Антон Иванов.