Сергей Степашин проработал председателем Счетной палаты более 13 лет. Сотрудники ведомства неоднократно становились фигурантами громких скандалов.
20 апреля 2001 года аудитор Счетной палаты (СП) Владимир Пансков представил доклад о ревизии деятельности спецэкспортера алмазов и платиноидов "Алмазювелирэкспорт", выявившей ущерб на $2,5 млн. 24 апреля курирующий компанию Минфин выпустил пресс-релиз, в котором обвинил СП в распространении недостоверных сведений, "не подкрепленных конкретными фактами и цифрами". В мае СП начала дополнительную проверку предприятия, о претензиях к нему больше не сообщалось.
2 июня 2006 года при получении $300 тыс. в офисе авиакомпании "Трансаэро" были задержаны сенатор от Калмыкии Левон Чахмахчян и его зять, помощник аудитора СП Армен Оганесян. По данным следствия, они вымогали взятку за сокрытие негативных результатов проверки авиаперевозчика. В результате скандала в июле того же года ушел в отставку Владимир Пансков, допрошенный в рамках расследования в качестве свидетеля. 17 июля 2008 года Мосгорсуд приговорил Чахмахчяна и Оганесяна к девяти и восьми годам заключения соответственно, впоследствии сроки сократили.
6 сентября 2007 года сотрудники ФСБ арестовали прикомандированного к СП полковника Минобороны Юрия Гайдукова, работавшего начальником одной из инспекций при аудиторе СП Сергее Абрамове. Его заподозрили в вымогательстве €1 млн у руководства ОАО НПО "Энергомаш" за внесение изменений в отчет по проверке расходования бюджетных средств. Еще одним фигурантом дела стала глава правового департамента СП Зарина Фарниева. Расследование завершилось в июле 2013 года, дело передано в суд.
27 сентября 2007 года при получении $120 тыс. были задержаны начальник инспекции СП Сергей Климантов и первый вице-мэр Владивостока Сергей Дубовицкий. Позже под стражу взяли замдиректора департамента по контролю за федеральной собственностью СП Василия Корягина. По версии следствия, они требовали взятку за оформление акта проверки использования имущества НИИ "Геодезия" в пользу арендовавшего его площади предпринимателя. В августе 2008 года Мосгорсуд признал всех троих виновными и приговорил их к срокам от четырех до восьми лет.
26 сентября 2013 года в Москве был задержан глава департамента контроля расходов на науку, образование, культуру, спорт и средства массовой информации СП Александр Михайлик. Его обвинили в получении взятки в 3 млн руб. за организацию внеплановой проверки ФГУПа "Спорт-инжиниринг", проектирующего стадионы к чемпионату мира по футболу 2018 года. Предполагаемым посредником выступил сенатор от Новгородской области Александр Коровников, входивший в комиссию Совета федерации по взаимодействию со Счетной палатой.