В январе 1995 года ГУВД Москвы объявило о выявлении в АОЗТ "Новые Черемушки" (владелец базы) незаконной прибыли на 2 млрд неденоминированных рублей.
В июне 1998 года на базе было задержано девять вагонов со спиртным из Северной Осетии (550 тыс. бутылок). Позднее на складе нашли еще 230 тыс. бутылок.
В феврале 2001 года около базы был зарезан один из лидеров азербайджанской ОПГ. Спустя две недели полиция разогнала сходку 50 бандитов в близлежащем кафе.
15 декабря 2002 года на базе бизнесмен из Ульяновска в состоянии наркотического опьянения ранил четырех человек из газового пистолета.
15 февраля 2005 года в бытовом вагончике милиция задержала бежавшего из-под стражи мигранта Икрама Нарбутова, обвиненного в изнасиловании.
6 мая 2005 года недалеко от базы обнаружены тела двух таджиков, забитых насмерть. В убийстве обвинили двух москвичей.
Летом 2005 года, по данным СМИ, конкуренция Покровской базы с другой оптовой площадкой — Басманным рынком (обрушился в феврале 2006 года) — якобы привела к криминальной войне, в которой было убито несколько человек.
В феврале 2007 года задержана группа выходцев из Азербайджана, продававшая на базе крупную партию героина.
В апреле 2010 года с новым переделом на рынке связывали расстрел в Москве азербайджанского "авторитета" Ильгара Джабраилова (Данабаш) — помощника вора в законе Аслана Усояна (Дед Хасан). В январе 2013 года был убит сам Дед Хасан.
В феврале 2011 года сотрудниками милиции был задержан уроженец Азербайджана, совершивший на базе несколько убийств и разбойных нападений.
В марте 2011 года на территории базы задержан наркоторговец с 1 кг героина.
Осенью 2012 года правоохранительные органы несколько раз сообщали о проверках базы, обнаружении "гостиницы" для нелегальных мигрантов и депортации нескольких десятков из них.
3 апреля 2013 года на базе было задержано 450 мигрантов.