В декабре 2004 года Геннадий Онищенко заявил о вреде потребления энергетических напитков. 20 января 2005 года он подписал постановление об ограничении торговли энергетиками, запретив продажу слабоалкогольных энергетиков в ночных клубах.
В 2005 году господин Онищенко инициировал проверку соответствия договоров о долевом строительстве закону о защите прав потребителей. По итогам проверки ряд компаний был привлечен к административной ответственности и оштрафован.
В конце марта 2006 года Геннадий Онищенко призвал Федеральную таможенную службу запретить ввоз в Россию вин из Грузии и Молдавии из-за повышенного содержания в них пестицидов и железа. Поставки молдавской продукции возобновились в 2007 году, но несколько раз прерывались, на данный момент идут переговоры об их возобновлении. Грузинское вино вернулось в Россию в июне 2013 года.
15 апреля 2006 года господин Онищенко заявил, что намерен «серьезно и целенаправленно» заняться контролем качества минеральных вод «Боржоми» и «Набеглави». С 5 мая 2006 года ведомство запретило ввоз, а с 7 мая — реализацию воды в РФ. Поставки были возобновлены в мае 2013 года.
В сентябре 2006 года Геннадий Онищенко выступил с инициативой запретить продажу вин, поставляемых из Китая, Белоруссии, с Украины и из Южной Америки. Запрет введен не был.
В ноябре 2006 года были запрещены реализация и импорт рыбных консервов ряда заводов Латвии. Ограничения сняли в начале 2007 года.
В мае 2008 года Геннадий Онищенко предложил запретить переработку замороженного мяса, а 19 июня 2008 года запретил с 1 января 2009 года использовать для обработки мяса птицы растворы, содержащие хлор выше установленных требований.
В июне 2009 года на фоне ухудшения отношений с Минском из-за несоответствия новому техрегламенту запрещен ввоз около 1,5 тыс. наименований молочной продукции из Белоруссии. Поставки возобновились через месяц.
1 января 2010 года Геннадий Онищенко запретил поставки американской курятины из-за использования производителями хлора при обработке мяса. Через полгода президенты двух стран договорились о возвращении курятины из США на российский рынок.
В апреле 2010 года Роспотребнадзор отказал в разрешении на поставку детского питания компании Nestle. В дальнейшем, уже после выполнения компанией всех предписаний, господин Онищенко продолжал обвинять ее в «грубых нарушениях».
В мае 2010 года Роспотребнадзор предписал прекратить реализацию партии фарфоровой посуды из Белоруссии, в которой выявил повышенное содержание кадмия и свинца.
1 июня 2011 года вступило в силу постановление Роспотребнадзора о внесении петрушки кудрявой в список растений, содержащих сильнодействующие, наркотические или ядовитые вещества. Помимо петрушки в список из 352 наименований вошли еще 17 растений, в частности лебеда монетная, ежовник членистый, колоцинт и два вида аира: злаковый и болотный.
2 июня 2011 года был введен запрет на поставку овощей из стран Евросоюза из-за вспышки кишечной инфекции (бактерия E.coli). Ограничения были полностью сняты к августу.
В июле 2013 года ведомство Геннадия Онищенко запретило ввоз конфет украинской фабрики Roshen. 21 октября началась инспекция предприятий.
В сентябре 2013 года Роспотребнадзор приостановил ввоз молочных продуктов из Литвы. В октябре стороны стали согласовывать визит российских экспертов, с которыми предполагается обсудить условия возвращения продукции.
Кроме того, совмещая должности главы Роспотребнадзора и главного санитарного врача РФ, господин Онищенко неоднократно выступал с рекомендациями гражданам. Так, например, он советовал россиянам перестать есть суши, поскольку «еда эта не наша», встречать Новый год с клюквенным морсом, а также растапливать снег и дистиллировать его для чая.