28 ноября 1991 года был создан Госкомитет РСФСР по национальной политике. 2 марта 1993 года он был преобразован в Госкомитет по делам федерации и национальностей.
10 января 1994 года появилось Министерство по делам национальностей и региональной политики, созданное путем объединения госкомитетов по делам федерации и национальностей и по социально-экономическому развитию Севера. 4 марта 1996 года "в целях более полного организационного обеспечения становления и развития федеративных отношений" ведомство было преобразовано в Министерство по делам национальностей и федеративным отношениям. 30 апреля 1998 года его вновь переименовали — в Министерство региональной и национальной политики.
22 сентября 1998 года ведомство было разделено на два министерства — национальной политики и региональной политики. 25 мая 1999 года первое было преобразовано в Министерство по делам федерации и национальностей, второе — в Госкомитет по делам Севера.
17 мая 2000 года Министерство по делам федерации и национальностей преобразовано в Министерство по делам федерации, национальной и миграционной политики. Ему была передана часть функций упраздненных Министерства по делам СНГ, Федеральной миграционной службы и Госкомсевера. Указом президента от 17 октября 2001 года министерство было упразднено.
С 6 декабря 2001 года национальными отношениями занимался министр без портфеля Владимир Зорин. В феврале 2004 года он был отправлен в отставку с правительством Михаила Касьянова.
13 сентября 2004 года образовано Министерство регионального развития, за национальный вопрос в котором отвечает созданный к декабрю того же года департамент межнациональных отношений. Кроме того, 5 июня 2012 года появился совет при президенте РФ по межнациональным отношениям, возглавляет который сам глава государства. Также с 2012 года в управлении внутренней политики администрации президента действует департамент по межнациональным отношениям. 28 января 2013 года экс-глава Дагестана Магомедсалам Магомедов назначен заместителем главы администрации, курирующим межнациональные вопросы.