В июне 2012 года министру по развитию Дальнего Востока Виктору Ишаеву были назначены четыре заместителя. Ими стали руководитель аппарата правительства Хабаровского края Геннадий Кондратов, бывший гендиректор ОАО «РАО ЭС Востока» Иван Благодырь, помощник полпреда президента в ДФО Игорь Аверин и зампред краевого правительства Юрий Оноприенко. Иван Благодырь весной 2012 года возглавил ЗАО «Инновационная компания САН». До того как в 2008 году возглавить «РАО ЭС Востока», господин Благодырь был советником председателя правления РАО «ЕЭС России». Геннадий Кондратов работал в краевом правительстве с 1993 года, в разное время ведал в нем внешнеэкономическими и международными связями, протоколом, возглавлял управление делами. Аппарат правительства возглавлял с июня 2009 года. Игорь Аверин работал в полпредстве с 2000 года, до этого также трудился в структурах краевой власти, в частности — был помощником первого вице-губернатора Хабаровского края по экономике. Юрий Оноприенко в 2001—2009 годах спикер регионального парламента, с 2009 года — первый заместитель, а затем заместитель главы краевого правительства, курирующий социальные вопросы. В июле пост заместителя министра получил Дмитрий Шелехов, в 2007 — 2012 годах возглавлявший ООО «Газпром инвест Восток» — «дочку» монополии, отвечавшую за реализацию Восточной газовой программы.
Юрий Оноприенко покинул министерство еще до отставки Виктора Ишаева, получив назначение в аппарате полпреда президента в ДФО главным федеральным инспектором по Хабаровскому краю (в ноябре ушел в отставку). Геннадий Кондратов ушел из министерства в сентябре, Иван Благодырь и Игорь Аверин — в октябре. 13 ноября премьер Дмитрий Медведев одобрил отставку Дмитрия Шелехова — последнего из заместителей, приглашенных на работу Виктором Ишаевым. 7 ноября премьер утвердил список представителей государства — кандидатов в совет директоров ОАО «Росгеология», в него вошел в том числе Дмитрий Шелехов. О назначениях остальных экс-заместителей Виктора Ишаева пока ничего не сообщалось.