7 октября 1993 года Генпрокуратура предъявила обвинения в организации массовых беспорядков (ст. 79 УК РСФСР, наказание от 2 до 15 лет) бывшим министру безопасности Виктору Баранникову (1992-1993) и министру внутренних дел Андрею Дунаеву (1991-1992), вставшим на сторону Александра Руцкого. В феврале 1994 года оба были освобождены по амнистии.
3 февраля 1999 года экс-министр юстиции Валентин Ковалев (1995-1997) был арестован по обвинению в присвоении средств Фонда общественной защиты гражданских прав при Минюсте (ч. 3 ст. 160, до 10 лет) и незаконном хранении оружия (ч. 1 ст. 222, до четырех лет). Позже обвинение в хранении оружия сняли, но добавили получение взяток (ч. 4 ст. 290, до 12 лет). 3 октября 2001 года Мосгорсуд приговорил его к девяти годам условно, конфисковав квартиру и участок земли.
19 октября 2001 года Генпрокуратура обвинила министра путей сообщения Николая Аксененко в превышении полномочий (ч. 2 ст. 286, до семи лет). 3 января 2002 года он был уволен. По данным следствия, чиновник тратил прибыль на содержание центрального аппарата ведомства. К первому обвинению позже добавили присвоение средств с использованием служебного положения (ч. 3 ст. 160, до 10 лет), а ст. 286 переквалифицировали по ч. 3 (до 10 лет). В октябре 2003 года дело передали в суд, но 20 июля 2005 года экс-министр умер.
31 декабря 2005 года Генпрокуратура предъявила обвинения экстрадированному из Швейцарии экс-главе Минатома Евгению Адамову в мошенничестве в крупных размерах (ч. 3 ст. 159, до шести лет), в превышении полномочий (ч. 3 ст. 286, до 10 лет) и злоупотреблении полномочиями (ч. 3 ст. 285, до 10 лет). По данным следствия, в 1998-1999 годах экс-министр и его сообщники завладели 62% акций российско-американского СП по торговле ураном GNSS. В феврале 2008 года суд приговорил Евгения Адамова к 5,5 года, в апреле срок был заменен на условный.
11 декабря 2006 года в Москве по обвинению в разжигании межнациональной розни с использованием служебного положения (ч. 2 ст. 282, до пяти лет) был задержан бывший глава Госкомпечати Борис Миронов (1993-1994). 12 февраля 2008 года райсуд Новосибирска переквалифицировал дело на ч. 1 ст. 282 УК РФ (до двух лет) и прекратил его за истечением срока давности.