25 октября 2012 года сотрудники СКР и МВД в рамках возбужденных дел о мошенничестве провели обыски в подконтрольном Минобороны холдинге "Оборонсервис" и связанных с ним компаниях. Сам министр Анатолий Сердюков присутствовал при обыске у своей соседки — экс-главы департамента имущественных отношений министерства Евгении Васильевой.
6 ноября президент Владимир Путин отправил господина Сердюкова в отставку, "чтобы создать условия для объективного расследования". К концу месяца ущерб от хищений СКР оценивался в 6,7 млрд руб. В конце декабря бывший министр был впервые допрошен в качестве свидетеля, но отказался отвечать на вопросы следствия в отсутствие адвоката Генриха Падвы.
11 января 2013 года господин Сердюков на допросе по делу о благоустройстве базы отдыха "Житное" вновь отказался от дачи устных показаний, воспользовавшись правом не свидетельствовать против себя. Он представил следователю несколько листов письменных пояснений, в которых изложил свою версию реализации имущества Минобороны.
19 февраля экс-министр побывал на допросе в СКР по делу о передаче участка земли в Анапском районе Краснодарского края под застройку своему зятю Валерию Пузикову. Сообщалось, что Анатолий Сердюков отказался свидетельствовать против себя и своих родственников.
23 июля экс-министр был допрошен в качестве свидетеля по делу о продаже части комплекса Таврического дворца в Петербурге. От дачи показаний он вновь отказался, но пояснил следователям, что "не видит в проведении этой сделки никаких нарушений".
21 ноября глава Следственного комитета Александр Бастрыкин, комментируя свидетельский статус экс-министра по делу "Оборонсервиса", заявил, что после проведения финансово-экономических экспертиз "будут изменения, которые всех обрадуют".
28 ноября господин Сердюков стал подозреваемым по делу о незаконном благоустройстве базы отдыха "Житное". 3 декабря он был допрошен и освобожден под подписку о невыезде, а 6 декабря экс-министру было предъявлено обвинение по ч. 1 ст. 293 УК (халатность).