31 мая 2011 года Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ) частично удовлетворил жалобу Михаила Ходорковского по так называемому первому делу ЮКОСа. Суд подтвердил незаконность его задержания, неразумные сроки и плохие условия содержания в СИЗО, обязав РФ выплатить €10 тыс. за моральный ущерб и €14,5 тыс. судебных издержек. Вместе с тем ЕСПЧ не признал преследование бизнесмена политически мотивированным. Суд указал, что заявитель "для признания своего дела политическим не представил неоспоримых доказательств". В ноябре 2011 года ходатайство Ходорковского о пересмотре вынесенного в мае постановления было отклонено коллегией Большой палаты ЕСПЧ.
20 сентября 2011 года по жалобе акционеров и бывших топ-менеджеров ЮКОСа суд признал, что российские власти нарушили право компании на защиту собственности, допустив нарушения в налоговых делах и спешную продажу "Юганскнефтегаза". Однако ЕСПЧ вновь не признал преследование ЮКОСа политическим, а вопрос о компенсации в размере €81 млрд передал на согласование сторонам.
25 июля 2013 года ЕСПЧ обнародовал решение по объединенному делу "Михаил Ходорковский и Платон Лебедев против России". Суд вновь не нашел политической составляющей в уголовном преследовании руководства ЮКОСа, но опять установил нарушения прав истцов во время следствия, суда и отбытия наказания. Михаилу Ходорковскому присудили компенсацию морального вреда в размере €10 тыс. Платону Лебедеву, который просил компенсировать потерянный им доход в €6,8 млн, суд отказал.