В октябре 2012 года Владимир Путин в эфире телеканала НТВ допустил освобождение Михаила Ходорковского из тюрьмы: "Если он обратится с помилованием, мы его рассмотрим. Благожелательно, без кровожадных настроений". Тогда всерьез в такую возможность мало кто поверил. Спустя два месяца, в декабре, Владимир Путин высказался уже более определенно: "Я уверен, что в соответствии с законом все будет нормально и Михаил Борисович выйдет на свободу. Дай Бог ему здоровья". Но и тогда всерьез этот сигнал воспринят не был.
Основаниями для того, чтобы не верить в освобождение Михаила Ходорковского, были слова Владимира Путина прошлых лет: "За ними убийства, и не одного человека" (интервью Le Monde, 2008 год); "Это дело судебное, не буду вмешиваться, но у этого человека кровь на руках" (после встречи с членами Валдайского клуба, 2010 год) или "Я так же, как известный персонаж Владимира Высоцкого, считаю, что вор должен сидеть в тюрьме" (прямая линия 2010 года). В 2013 году Владимир Путин к теме Михаила Ходорковского до поры до времени не возвращался, но действия силовиков лишь добавляли скептикам аргументов. В мае после отъезда из России ректора РЭШ Сергея Гуриева стало известно о подготовке третьего дела против экс-руководителей ЮКОСа. У экспертов, изучавших второе уголовное дело, прошли обыски, они побывали на допросе у следователей. В июне телеканал НТВ выпустил фильм "Убийство в подарок", в котором намекал на причастность господина Ходорковского к убийству мэра Нефтеюганска Владимира Петухова. Казалось, что медийная подготовка к новому громкому процессу началась. 6 декабря замгенпрокурора Александр Звягинцев заявил, что третье дело ЮКОСа будет касаться фактов отмывания за рубежом более $10 млрд, которые якобы похитили бывший руководитель компании Михаил Ходорковский и его сообщники. Но уже 19 декабря президент Владимир Путин на пресс-конференции заявил: "Не очень понимаю, где там это дело. <...> Прокуратура может видеть какие-то нарушения, но кроме прокуратуры есть еще и СКР, есть суд, поэтому особых угроз я ни для кого не вижу",— сказал он. А сразу после нее и вовсе сообщил, что получил от Михаила Ходорковского прошение о помиловании. На следующий же день прошение было подписано, а господин Ходорковский вывезен в Германию. Уже находясь в Берлине, экс-глава ЮКОСа в интервью телеканалу "Дождь" назвал заявление господина Звягинцева "истерическим шагом" и заверил, что не будет участвовать в судебных разбирательствах по искам иностранных акционеров ЮКОСа к России: "Я не способен менеджировать ситуацию с исками акционеров ЮКОСа — президент об этом знает,— сказал он.— Деньги, принадлежащие акционерам ЮКОСа, меня не интересуют". Речь идет об иске более чем на $100 млрд, которые иностранные акционеры ЮКОСа по-прежнему пытаются отсудить у России. Очередной этап судебной эпопеи должен состояться в середине 2014 года, и не исключено, что неучастие господина Ходорковского в этом процессе было одним из условий его освобождения. Вряд ли это был главный аргумент. Но вскоре Верховный суд возобновил производство по первому уголовному делу и отменил отказ в надзорной жалобе по второму приговору. Возможно, российские власти готовы согласиться с ЕСПЧ, который нашел необоснованным решение российских коллег обязать Михаила Ходорковского возместить налоги на сумму 17 млрд руб., и даже готовы согласиться с тем, чтобы экс-глава ЮКОСа в обозримом будущем смог вернуться в Россию.