На территории России действует 102 природных заповедника общей площадью 33,8 млн га. Большая часть заповедников (97) подведомственна Минприроды. Все заповедники в 2012 году посетили 1,3 млн человек. Наибольшее число заповедников расположено в Красноярском крае (семь), а также в Хабаровском и Приморском краях (по шесть). Самым крупным в России заповедником является Большой Арктический в Таймырском АО. Его площадь достигает 4,2 млн га. Самым маленьким считается заповедник Белогорье площадью 2,7 тыс. га. Старейший заповедник страны Баргузинский в Бурятии был основан в декабре 1916 года. Самым молодым в списке заповедников является Утриш в Краснодарском крае, учрежденный в сентябре 2010 года.
Многие заповедники богаты полезными ископаемыми. Так, на территории Ненецкого заповедника находится северная часть крупного Кумжинского газоконденсатного месторождения. Нефтедобыча на шельфе Каспия вплотную подошла к границам Астраханского биосферного заповедника. В охранной зоне заповедника Курильский нашли золото, и экологи постоянно конфликтуют с золотодобытчиками.
Некоторые природоохранные территории расположены рядом с населенными пунктами и потенциально привлекательны для застройки — например, Приокско-Террасный заповедник в Московской области, Нижне-Свирский в Ленинградской, Центрально-Черноземный в Курской области, Центрально-Лесной в Тверской и Тебердинский рядом с Краснодаром. Кроме того, сотрудники Greenpeace жаловались, что при создании заповедника Утриш из него был исключен ряд территорий, где планируется строительство элитных комплексов. В 2008 году экологи протестовали против строительства санно-бобслейной трасы и горной олимпийской деревни вблизи границ Кавказского заповедника. Тогда их поддержал премьер Владимир Путин, и олимпийские объекты были перенесены.