30 июня 2009 года оппозиционер Илья Яшин направил в Генпрокуратуру запрос на проверку законности расходования госсредств на проведение молодежного слета "Селигер", организованного Росмолодежью. Обращение осталось без ответа.
В марте 2010 года ряд СМИ обвинили главу ведомства Василия Якеменко и его брата, главу православного корпуса движения "Наши" Бориса Якеменко, в причастности к скандальным видеороликам, на которых оппозиционеры якобы предлагали взятки сотрудникам ГИБДД. Братья выиграли иски о защите чести и достоинства к "Новой газете", "Эху Москвы" и писателю Виктору Шендеровичу.
В июле 2010 года на слете "Селигер" устроили инсталляцию, на которой были изображены насаженные на кол головы ряда известных общественных и политических деятелей в фуражках с фашистской символикой. Акцию осудили члены Общественной палаты и правозащитники.
13 ноября 2010 года Василий Якеменко в своем блоге высказался по поводу нападения на журналиста Олега Кашина, сравнив пострадавшего с зомби, ящерицей, невидимкой. Господин Кашин, в свою очередь, написал в своем блоге, что не сомневается "в якеменковской версии" нападения на него. Чиновник подал в суд, который встал на сторону журналиста, признав за ним право на оценочное суждение.
14 декабря 2010 года глава думской фракции партии "Справедливая Россия" Николай Левичев заявил, что провал молодежной политики привел к бесчинствам футбольных фанатов и националистов на Манежной площади.
В июле 2011 года "Селигер" лишился половины зарубежных спонсоров, включая Mercedes-Benz, Intel, Moleskine, Tupperware. Они отказались от сотрудничества после того, как корреспондент журнала "Власть" Олеся Герасименко попыталась выяснить, зачем иностранцам спонсировать это мероприятие.
16 октября 2012 года стало известно об увольнении пресс-секретаря Росмолодежи Анны Бирюковой, написавшей в Twitter, что дала взятку гаишникам. Уже бывшая сотрудница ведомства рассказала СМИ, что уволилась сама, потому что ей "не понравилось быть госслужащей".