Образовано 13 сентября 2004 года. Является федеральным органом исполнительной власти, отвечающим за выработку и реализацию госполитики в сфере социально-экономического развития субъектов РФ и муниципальных образований, административно-территориального устройства, приграничного и межрегионального сотрудничества. Регулирует межнациональные отношения, занимается защитой прав нацменьшинств и коренных малочисленных народов, взаимодействует с казачьими обществами. Предоставляет господдержку бюджетам субъектов РФ за счет средств Инвестиционного фонда и субсидий из федерального бюджета, является госзаказчиком федеральных целевых программ, связанных с экономическим развитием субъектов и муниципальных образований. В структуру министерства входят 11 департаментов и межрегиональные управления по федеральным округам. Штатная численность центрального аппарата — 294 человека. Расходы бюджета на деятельность министерства в 2014 году запланированы в размере 50,56 млрд руб., на 2015 год — 42,98 млрд руб., на 2016-й — 74,79 млрд руб.