11 марта 2003 года для контроля за выросшим на 33% государственным оборонным заказом (ГОЗ) при Минобороны был образован Госкомитет по оборонному заказу. Министр Сергей Иванов назвал его целью содействие "кардинальному техническому перевооружению" армии. В марте 2004 года комитет был преобразован в Федеральную службу по оборонному заказу (Рособоронзаказ). Источник в администрации президента сообщал, что Владимир Путин был недоволен низкими результатами работы ведомства. Новая служба получила полномочия по контролю за торгами ГОЗ, надзору за соблюдением требований техрегламентов в отношении продукции, контролю ценообразования и состояния организаций ОПК, ведению реестра единственных и недобросовестных поставщиков. В 2004-2012 годах в службе сменилось четыре руководителя.
В мае 2012 года Рособоронзаказ перешел из ведения Минобороны в прямое подчинение правительству, его куратором стал вице-премьер Дмитрий Рогозин. Этому предшествовал срыв гособоронзаказа на 2010 и 2011 годы. Служба была расширена за счет трех новых управлений, предельная штатная численность центрального аппарата составила 288 человек. По итогам 2013 года служба выявила 374 нарушения в сфере ГОЗ на общую сумму 173 млрд руб. Было выявлено некачественной продукции на 5,54 млрд руб. В 2014 году на функционирование Рособоронзаказа из бюджета выделено 384,8 млн руб.