По закону "О закрытом административно-территориальном образовании (ЗАТО)" от 14 июля 1992 года таковым являются муниципальные образования, в которых установлены особые режимы функционирования и охраны государственной тайны, включая специальные условия проживания. Решение о создании, преобразовании или упразднении ЗАТО принимает президент по предложению правительства.
В настоящее время насчитывается 42 ЗАТО в 22 субъектах федерации. На их территории расположены военные базы, предприятия оборонной, атомной и космической промышленности. Крупнейшими по численности населения ЗАТО являются Северск (Томская область, 116 тыс. человек), Саров (Нижегородская область, 94 тыс. человек), Железногорск (Красноярский край, 85 тыс. человек).
Особый режим функционирования объектов в ЗАТО предполагает установление контролируемых и запретных зон по границе или в пределах территории, ограничения на въезд и, в отдельных случаях, постоянное проживание, ограничения на полеты, ограничения на право ведения хозяйственной и предпринимательской деятельности, ограничения на деятельность организаций, связанных с иностранцами.
Севастополь впервые получил статус закрытого города весной 1939 года. На въезде в город были установлены КПП, которые действовали до августа 1959 года (исключая период немецкой оккупации в 1942-1944 годах). Значительно дольше — до середины 1990-х годов — закрытым оставался населенный пункт Балаклава, включенный в состав Севастополя в 1957 году. Повторно пропускной режим был введен в Севастополе в 1984 году. В мае 1993 года вышло постановление кабинета министров Украины, по которому въезд в город граждан Украины и иностранцев осуществлялся по удостоверениям личности и пропускам. С 1 декабря 1995 года пропускной режим был отменен.