20 января 2000 года Польша объявила персонами нон грата девять российских дипломатов, обвинив их в шпионаже. Москва ответила высылкой девяти польских дипломатов.
С 2002 года российские нефтяники пытались купить стратегические активы в Польше. В 2013 году премьер Дональд Туск заявил, что россияне не могут на них рассчитывать.
25 ноября 2004 года во время "оранжевой революции" президент Александр Квасьневский стал активным посредником при смене власти в Киеве и в одном из интервью заявил: "Россия без Украины является лучшим решением".
21 марта 2005 года МИД РФ резко осудил переименование одной из площадей Варшавы в честь Джохара Дудаева. В ответ предлагалось назвать улицу, где находится посольство Польши, именем Михаила Муравьева, подавившего польское восстание 1863-1864 годов. 4 ноября того же года Россия впервые отметила День народного единства (праздник освобождения Москвы от польских интервентов).
10 ноября 2005 года Россия запретила импорт польской мясной продукции "по ветеринарным соображениям". 13 ноября 2006 года Польша в ответ заблокировала переговоры о новом соглашении Россия--ЕС. В 2007 году Москва отменила эмбарго.
В апреле 2006 года министр обороны Радек Сикорский сравнил проект "Северный поток" с пактом Молотова--Риббентропа.
В январе 2007 года Польша начала переговоры по размещению у себя объектов ПРО США. Москва грозила нацелить ракеты на польские объекты. От идеи ПРО в Польше в 2009 году отказался Барак Обама, начавшей политику "перезагрузки".
26 мая 2008 года МИД Польши инициировал создание "Восточного партнерства" для сближения с ЕС Украины, Белоруссии, Молдавии, Грузии, Азербайджана и Армении.
9 августа 2008 года руководители Польши и стран Балтии в совместном заявлении осудили "агрессию" России в Грузии. 1 сентября на экстренном саммите ЕС Варшава выступала за введение экономических санкций против Москвы.
10 апреля 2010 года под Смоленском разбился самолет президента Польши Леха Качиньского. Причиной стали плохие погодные условия.
17 сентября 2010 года в Польше по запросу России был задержан бывший эмиссар чеченских боевиков Ахмед Закаев. Суд отклонил ходатайство на арест, и он покинул страну.
12 июня 2012 года марш российский футбольных фанатов перед матчем Россия--Польша вылился в массовые беспорядки. В результате были задержаны 184 человека.
11 ноября 2013 года в ходе националистического "Марша независимости" произошла попытка штурма посольства РФ в Варшаве.
В марте 2014 года после присоединения Крыма к России Варшава поддержала санкции ЕС.