С 1990 года должность главы Верховного совета республики занимал бывший народный депутат Башкирской АССР Муртаза Рахимов. За это время была принята декларация о государственном суверенитете Башкирии (с 2005 года не имеет силы закона) и подписан федеративный договор с центром. В августе 1991 года господин Рахимов принял сторону ГКЧП, но после подавления путча заявил о поддержке Бориса Ельцина.
12 декабря 1993 года первые выборы президента Башкирии Муртаза Рахимов выиграл с результатом 64% голосов. Вторым был глава банка «Восток» Рафис Кадыров с 28,5%. 24 декабря 1993 года была принята новая конституция республики. 14 июня 1998 года господин Рахимов переизбрался с 70,2%. Второй результат показал «кандидат “против всех”» — 17,1%.
В декабре 2001 года на учредительном съезде «Единой России» Муртаза Рахимов стал членом высшего совета партии. 7 декабря 2003 года в первом туре очередных президентских выборов он, как кандидат «Единой России», при поддержке местного СПС набрал 42,59%. Второе место с 25,38% занял экс-глава Межпромбанка Сергей Веремеенко. Во втором туре действующий президент получил уже 78,01%, господин Веремеенко — 15,84%.
5 октября 2006 года президент внес кандидатуру Муртазы Рахимова в Курултай Башкирии для утверждения на новый срок. 10 октября он был переназначен голосами всех 119 присутствующих депутатов (всего в парламенте 120 мест).
15 июля 2010 года господин Рахимов ушел в отставку по собственному желанию, в тот же день и. о. президента был назначен заместитель председателя правления «РусГидро» Рустэм Хамитов. 17 июля его кандидатуру внес президент РФ, 19 июля его единогласно поддержал Курултай. 30 мая 2014 года досрочно покинул пост для участия в выборах 14 сентября.
На думских выборах 4 декабря 2011 года «Единая Россия» победила в Башкирии с 70,5% (в целом по стране — 49,31%). 4 марта 2012 года Владимир Путин набрал 75,28% (в среднем по стране — 63,6%), второе место занял Геннадий Зюганов (14,18%).