24 октября 1991 года президент России назначил главой администрации края председателя горсовета Ставрополя Евгения Кузнецова. 30 июня 1995 года, после теракта в Буденновске, он был уволен за "грубое нарушение трудовых обязанностей", но 4 июля указ вышел с новой формулировкой — "по его просьбе".
20 июля 1995 года главой региона назначен первый заместитель господина Кузнецова Петр Марченко. На первых выборах губернатора 17 ноября 1996 года его поддержало движение "Наш дом — Россия", но он проиграл депутату Госдумы от КПРФ Александру Черногорову (40,15% против 55,10% во втором туре). 17 декабря 2000 года господин Черногоров переизбрался, опередив во втором туре экс-главу правительства края Станислава Ильясова (56,57% против 36,33%).
В октябре 2005 года Александр Черногоров переназначен по представлению президента. В ноябре 2006 года он вступил в "Единую Россию", но уже в марте 2007 года был исключен из партии после ее поражения на местных выборах (ЕР набрала 23,85%, "Справедливая Россия" — 37,61%). 24 апреля 2008 года господин Черногоров подал в отставку, сославшись на "личные проблемы". 16 мая 2008 года губернатором назначен Валерий Гаевский, бывший зампред правительства края.
На выборах в Госдуму 4 марта 2011 года ЕР набрала в регионе 49,11% (в целом по стране — 49,31%). На выборах президента 4 марта 2012 года Владимира Путина поддержали 64,47% избирателей (по стране — 63,6%). Однако 2 мая 2012 года полномочия Валерия Гаевского были прекращены "по собственному желанию". В СМИ одной из причин назывался конфликт губернатора с полпредом президента в СКФО Александром Хлопониным.
5 мая 2012 года главой региона по представлению президента стал депутат Госдумы от "Единой России" Валерий Зеренков. Уже 27 сентября 2013 года он подал в отставку "по состоянию здоровья". В тот же день врио губернатора стал бывший вице-губернатор ЯНАО Владимир Владимиров.